工程款支付进度超过项目建设进度且预付款担保保函已逾期，可能会造成以下后果：

1. 承包方可能面临资金压力与违约风险：

   • 资金压力：工程款支付进度超前，意味着承包方提前获得了资金，但如果后续建设过程中因各种原因（如设计变更、材料供应问题等）导致工程进度滞后，承包方可能面临资金被长期占用而无法及时用于其他项目或偿还债务的压力。
   • 违约风险：若因承包方原因导致工程进度滞后，且无法按照合同约定的时间节点完成工程，发包方有权依据合同条款要求承包方承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。

2. 发包方可能面临资金损失与合同履行障碍：

   • 资金损失：预付款担保保函逾期，意味着保函的担保作用失效。若承包方在保函有效期内未能按照合同约定履行义务，发包方原本可以依据保函向担保人主张权利，要求支付保函金额以弥补损失。但保函逾期后，这一保障措施失效，发包方可能面临资金损失的风险。
   • 合同履行障碍：工程款支付进度超前可能导致发包方对工程进度的监控难度增加，若承包方未能按照合同约定的质量标准完成工程，发包方可能面临工程质量问题、工期延误等合同履行障碍。

3. 双方可能面临法律纠纷与诉讼风险：

   • 法律纠纷：工程款支付进度与项目建设进度不匹配，以及预付款担保保函逾期，都可能成为双方争议的焦点。若双方无法就相关问题达成一致意见，可能引发法律纠纷。
   • 诉讼风险：在法律纠纷无法通过协商、调解等方式解决的情况下，双方可能选择通过诉讼途径解决争议。这将导致双方投入大量的人力、物力和财力，并可能对双方的商业信誉造成负面影响。

针对上述后果，建议采取以下措施：

• 加强合同管理：双方应严格审查合同条款，确保工程款支付进度与项目建设进度相匹配，并明确预付款担保保函的有效期、担保范围等关键条款。
• 及时沟通协商：在工程款支付或项目建设过程中，双方应保持密切沟通，及时协商解决可能出现的问题，避免问题积累导致法律纠纷。
• 完善担保措施：发包方可以要求承包方提供其他形式的担保措施，如银行保函、第三方担保等，以弥补预付款担保保函逾期后的保障空白。
• 寻求法律支持：若双方无法就相关问题达成一致意见，或面临法律纠纷和诉讼风险，应及时寻求专业律师的法律支持，以维护自身合法权益。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。