结论：交通肇事罪后刑事谅解的费用，运输公司并没有法定的义务必须出钱。是否出钱取决于多种因素，包括运输公司的内部规定、与肇事员工的合同约定以及公司的自愿选择等。

分析说明：

1. 法律义务角度：

   • 从法律层面讲，运输公司并没有明确的法定义务来支付交通肇事罪后的刑事谅解费用。刑事谅解费用通常是肇事者个人与受害者或其家属之间协商达成的，旨在获得受害者的谅解，从而可能减轻肇事者的刑事责任。
   • 运输公司作为雇主，对员工在工作过程中造成的交通事故，可能承担一定的民事赔偿责任（如根据《民法典》中关于雇主责任的规定），但这并不等同于必须支付刑事谅解费用。

2. 合同约定与内部规定角度：

   • 如果运输公司与肇事员工在劳动合同或内部规定中有明确约定，比如公司愿意承担员工因工作原因造成的某些法律后果（包括刑事谅解费用），那么公司可能需要按照约定支付。
   • 然而，这种约定通常不是法定的，而是基于双方的自愿和协商。如果没有这样的约定，公司就没有义务支付。

3. 公司自愿选择角度：

   • 即使没有法律义务或合同约定，运输公司也可能出于人道主义关怀、维护公司形象或员工关系等考虑，自愿选择支付部分或全部刑事谅解费用。
   • 这种选择是公司自主决定的，不是法定的义务。

后续行动建议：

• 对于肇事员工：如果你希望运输公司能支付刑事谅解费用，可以与公司进行协商，看是否能达成一致意见。同时，你也可以考虑自己承担这部分费用，以尽快获得受害者的谅解。
• 对于运输公司：如果公司决定不支付刑事谅解费用，应明确告知肇事员工，并解释原因。如果公司愿意支付，应确保支付行为符合公司内部规定和法律法规的要求。

特殊场景提醒：

• 在某些特殊情况下，如肇事员工是运输公司的关键岗位人员，且其犯罪行为对公司造成了重大影响，公司可能会更倾向于支付刑事谅解费用以减轻负面影响。但这仍然不是法定的义务，而是基于公司的战略考虑。

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