擅自改装已取得车辆营运证的车辆的处罚权，主要归属于交通运输主管部门，但在某些情况下，公安机关交通管理部门也有权进行处罚。以下是详细分析：

1. 交通运输主管部门的处罚权：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》第七十条的相关规定（虽直接条款未明确提及改装处罚，但条例整体规范了道路运输经营行为，且改装营运车辆属于违规经营行为的一种），以及实践中对擅自改装已取得车辆营运证车辆的处罚实践，交通运输主管部门有权对这类违法行为进行处罚。
   • 处罚措施：通常包括责令改正，即要求车主或驾驶员限期恢复原状或补办相关手续；以及罚款，罚款金额根据违法行为的严重程度而定，例如，客运经营者、货运经营者擅自改装已取得车辆营运证的车辆，可能面临5000元以上2万元以下的罚款。在情节严重时，还可能吊销其道路运输经营许可证。

2. 公安机关交通管理部门的处罚权：

   • 法律依据：根据《机动车登记规定》第七十八条和第七十九条，对改变车身颜色、更换发动机等未按规定办理变更登记的违法行为，以及擅自改变机动车外形和已登记的有关技术参数的违法行为，公安机关交通管理部门有权进行处罚。
   • 处罚措施：对于未按规定办理变更登记的，可能处以警告或者二百元以下罚款；对于擅自改变机动车外形和已登记的有关技术参数的，责令恢复原状，并处警告或者五百元以下罚款。

实际应用中的区分：

• 如果改装行为主要涉及车辆营运证的违规使用或改变车辆用途等，那么更可能由交通运输主管部门进行处罚。
• 如果改装行为主要涉及车辆外观、结构或技术参数的改变，且未按规定办理变更登记，那么更可能由公安机关交通管理部门进行处罚。

建议：

• 车主或驾驶员在改装车辆前，应了解相关法律法规，确保改装行为合法合规。
• 如果已对车辆进行了改装，应及时到相关部门办理变更登记手续，以避免不必要的法律风险和处罚。

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