擅自改装已取得道路运输证的车辆，将由县级以上道路运输管理机构责令改正，并处以相应罚款。具体分析如下：

一. 处罚依据与罚款金额

• 依据《道路旅客运输及客运站管理规定》（交通运输部令2012年第2号）第九十三条，客运经营者使用擅自改装或者擅自改装已取得《道路运输证》的客运车辆的，由县级以上道路运输管理机构责令改正，并处5000元以上2万元以下的罚款。这一规定明确指出了擅自改装已取得道路运输证的车辆的处罚措施。

二. 处罚流程

1. 立案阶段：对于日常监督检查发现的问题及投诉举报的情况，进行审查核实，符合立案条件的予以立案。
2. 调查取证阶段：包括行政执法人员现场了解核实情况，搜集证据，制作笔录，听取当事人申辩或举行听证，认定并告知违法事实，说明处罚依据，依法交代权利并听取意见等步骤。
3. 决定阶段：单位负责人审查决定，对于情节复杂的，应当集体讨论决定，然后制作处罚决定书。
4. 送达阶段：当场交付当事人，当事人不在场的，行政机关应在7日内将行政处罚决定书送达当事人。

三. 法律责任

• 如果行政机关不履行或不正确履行行政职责，如没有法定的行政处罚依据、擅自改变行政处罚种类或幅度、违反法定的行政处罚程序等，将承担相应的责任，包括行政处分和刑事责任。

我建议，如果您或您的企业面临此类问题，应积极配合道路运输管理机构的调查，及时改正违法行为，并争取减轻处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。