村组在土地出租合同已约定租金上涨的情况下单方面决定减免租金，可能违反《民法典》中关于合同效力及集体资产管理相关规定，具体分析如下：

一、违反《民法典》合同效力规定

1. 合同严守原则
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。若合同已明确约定租金上涨条款（如“每三年租金递增5%”），且该条款不违反法律强制性规定（如不存在显失公平、欺诈等情形），则村组作为合同一方无权单方面变更或免除租金上涨义务。

2. 单方变更合同的效力
   村组若未经承租方同意擅自减免租金，属于单方变更合同行为。根据《民法典》第543条，合同变更需当事人协商一致。若承租方拒绝减免，村组的行为可能构成违约，承租方有权要求按原合同履行或主张赔偿损失。

二、违反集体资产管理规定（若土地属集体所有）

1. 集体资产处置程序
   若出租土地为村集体所有，根据《村民委员会组织法》第24条，涉及村民利益的重大事项（如集体资产处置）需经村民会议或村民代表会议讨论决定。若村组未经法定程序（如未召开村民会议、未达到法定表决比例）擅自减免租金，可能因程序违法导致决议无效。

2. 集体资产保值增值义务
   村组作为集体资产管理人，有义务保障集体资产保值增值。若减免租金缺乏合理理由（如承租方经营困难但未提供证明），可能涉嫌损害集体利益，相关责任人可能需承担行政或民事责任。

三、例外情形：合同可变更的法定事由

若存在以下情形，村组可能依法主张减免租金：

1. 不可抗力：如自然灾害导致土地无法使用，可依据《民法典》第590条主张部分或全部免除租金；
2. 情势变更：如市场环境发生重大变化（如政策调整导致土地用途受限），可依据《民法典》第533条请求变更合同；
3. 承租方履行障碍：如承租方因疫情等客观原因无法正常使用土地，可协商减免，但需双方达成一致。

四、实务建议

1. 对村组：

   • 立即停止单方减免行为，与承租方协商修订合同；
     
   • 若需减免，应按法定程序召开村民会议并形成书面决议；
     
   • 保留减免租金的合理依据（如承租方财务困难证明、不可抗力事件证明）。

2. 对承租方：

   • 若村组擅自减免，可书面拒绝并要求按原合同履行；
     
   • 若同意减免，应签订补充协议明确减免期限、金额及后续租金调整方式；
     
   • 保留合同原件、租金支付记录等证据，以备维权。

提示：具体案件需结合合同条款、土地性质、减免程序等综合判断。若涉及集体资产处置，建议村组委托律师审核决议程序合法性；若承租方遭遇单方违约，可依法主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询。