村集体合同租金缴纳方式与会议讨论不符，可能违反了《中华人民共和国村民委员会组织法》以及《中华人民共和国民法典》中关于合同变更与履行、村民自治的相关规定。具体分析如下：

1. 违反村民自治原则与程序规定
   根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的重大事项（如集体资产租赁、租金调整等）需经村民会议或村民代表会议讨论决定。若合同中约定的租金缴纳方式未经法定程序表决通过，或实际履行方式与会议记录、决议内容不一致，可能构成对村民自治程序的违反。例如，若会议明确约定“按季度支付租金”，但合同文本或实际执行中变为“按年支付”，且未重新履行表决程序，则属于程序瑕疵。

2. 违反合同变更的法定要求
   根据《民法典》第五百四十三条，合同变更需双方协商一致并采用书面形式（法律另有规定或当事人另有约定的除外）。若村集体与承租方在合同签订后，未经合法程序擅自修改租金缴纳方式（如口头约定变更支付周期），可能因缺乏书面协议或未通过村民会议追认，导致变更无效。此时，承租方仍需按原合同履行，否则可能承担违约责任。

3. 可能涉及利益输送或职务违法
   若租金缴纳方式的变更系个别村干部私自决定，未履行民主程序且未公开公示，可能涉嫌违反《村民委员会组织法》第三十条（村务公开制度）或《刑法》中关于职务侵占、挪用资金的规定。例如，将“先付后用”改为“先用后付”，导致村集体资金被长期占用，可能损害集体利益。

建议处理步骤：

1. 核查会议记录与合同文本：对比村民会议决议、合同原件及实际履行情况，确认差异点及形成原因。
   
2. 启动补正程序：若属程序疏漏，应尽快召开村民会议或代表会议，对变更事项进行表决并形成书面决议，同步修订合同。
   
3. 追究违约责任：若变更未经合法程序且损害集体利益，可依据《民法典》第五百七十七条要求承租方按原合同履行，或主张赔偿损失。
   
4. 监督与问责：向乡镇政府反映情况，要求对村干部履职情况进行监督；若存在违法行为，可向纪检监察机关举报。
   

如有进一步细节（如合同具体条款、会议决议内容等），可向我补充说明，以便更精准地分析法律风险。