在货物买卖合同纠纷中，箱内货物短少责任由谁承担，需根据具体情况分析，一般可能由卖方、买方或第三方物流公司承担责任。以下是对不同情况的详细分析：
卖方责任：
- 合同约定：如果买卖合同中明确约定了卖方需确保货物数量与装箱单一致，且卖方未能履行此义务，导致箱内货物短少，那么卖方应承担违约责任。
- 交付标准：根据《民法典》的相关规定，卖方有义务按照约定的质量、数量等交付货物。若卖方交付的货物数量不足，即构成违约，应承担相应的法律责任。
- 举证责任：在货物短少的情况下，如果卖方无法提供充分证据证明其已按约定数量交付货物，那么卖方可能需要承担不利后果。
买方责任：
- 验收义务：买方在接收货物时，有义务对货物进行验收。如果买方在验收时未发现货物短少，且在合理期限内未提出异议，那么可能视为买方已接受货物数量，此后发现短少可能难以追究卖方责任。
- 保管不当：如果货物在买方接收后，因买方保管不当导致货物短少，那么买方应自行承担责任。
第三方物流公司责任：
- 运输合同：如果买卖双方约定由第三方物流公司负责运输货物，且物流公司在运输过程中导致货物短少，那么根据运输合同的约定，物流公司可能需要承担赔偿责任。
- 过错原则：在物流过程中，如果物流公司存在过错（如疏忽、故意等）导致货物短少，那么物流公司应承担相应的法律责任。
法律建议：
- 审查合同：首先，应仔细审查买卖合同中的相关条款，特别是关于货物数量、交付标准、验收义务以及违约责任等方面的约定。
- 收集证据：在发现货物短少后，应及时收集相关证据，如装箱单、运输单据、验收记录等，以证明货物短少的事实以及责任方。
- 协商解决：在责任明确后，可以尝试与责任方进行协商，寻求和解或赔偿等解决方案。
- 法律途径：如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁等。
可能后果：
- 如果责任在卖方，卖方可能需要承担补货、退款或赔偿等法律责任。
- 如果责任在买方，买方可能需要自行承担货物短少的损失。
- 如果责任在第三方物流公司，物流公司可能需要承担赔偿责任，具体赔偿金额和方式需根据运输合同的约定以及实际情况确定。
在处理此类纠纷时，建议根据具体情况咨询专业律师，以便更准确地判断责任方并制定有效的解决方案。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。