结论：车辆挂靠时，双方不能通过约定来完全排除被挂靠单位在交通事故中的连带责任。这一结论主要基于《中华人民共和国民法典》的相关规定以及挂靠关系的法律性质。
详细分析：
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十一条，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，且属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。这一规定是强制性的，意味着双方不能通过内部约定来改变这一法律后果。
挂靠关系的法律性质：
- 挂靠关系本质上是一种变相的转让或出租道路运输许可证件的行为，它违反了相关法律规定。被挂靠单位允许他人以其名义进行经营活动，并从中获取利益（如管理费），因此应当对挂靠车辆承担一定的管理义务。这包括车辆运营资质的审核、安全管理的落实等。
连带责任的目的：
- 连带责任的规定旨在保护受害人的合法权益，确保在交通事故发生后，受害人能够得到充分的赔偿。同时，它也促使被挂靠单位加强对挂靠车辆的管理和监督，从而提升整体的道路运输安全水平。
内部约定的效力：
- 尽管挂靠人和被挂靠人之间可以签订内部协议，约定在交通事故发生时各自的责任分担比例或方式，但这种约定仅对双方具有约束力，不能对抗第三人（即受害人）。在受害人主张赔偿时，被挂靠单位仍需根据法律规定承担连带责任。当然，被挂靠单位在承担连带责任后，可以根据内部协议向挂靠人进行追偿。
建议：
- 完善挂靠协议：虽然不能完全排除连带责任，但双方可以在挂靠协议中明确各自的权利义务，包括事故处理、责任分担等条款，以便在事故发生后能够迅速、有效地处理相关事宜。
- 加强管理和监督：被挂靠单位应加强对挂靠车辆的管理和监督，确保车辆符合安全运营条件，驾驶员具备相应资质，从而降低事故发生的风险。
- 购买足额保险：确保挂靠车辆购买足额的保险，包括交强险、商业险等，以应对可能发生的交通事故和其他风险。
示例：
假设个体运输户甲将货车挂靠在乙运输公司名下，双方签订了挂靠协议，并约定在交通事故发生时，由甲承担全部责任。然而，在运输过程中，甲因操作不当发生交通事故，造成第三方丙受伤和财产损失，且经认定甲负事故全部责任。在此情况下，丙仍有权要求甲和乙运输公司共同承担赔偿责任。乙运输公司承担连带责任后，可以根据挂靠协议向甲进行追偿。
综上所述，车辆挂靠时双方不能通过约定来完全排除被挂靠单位在交通事故中的连带责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。