工程承包人与发包人公司人格混同的情况下，工程承包人一般不能直接代表发包人起诉实际施工人，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：人格混同不直接赋予起诉权
公司人格混同，通常指的是两个或多个公司在人员、业务、财务等方面存在高度混同，导致各自财产无法区分，丧失独立人格。然而，公司人格混同本身并不直接赋予其中一个公司代表另一个公司进行诉讼的权利。在法律上，每个公司都是独立的法人实体，具有独立的诉讼地位。因此，工程承包人不能仅凭与发包人公司的人格混同，就直接代表发包人起诉实际施工人。
二、例外情形：特定情况下可能获得起诉权
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情况下，工程承包人可能获得代表发包人起诉实际施工人的权利。这些情况通常包括：
发包人明确授权：如果发包人通过书面或其他形式明确授权工程承包人代表其进行诉讼，那么工程承包人就有权在授权范围内代表发包人起诉实际施工人。
法律或合同特别规定：在某些特定情况下，法律或合同可能特别规定工程承包人有权代表发包人进行诉讼。例如，如果合同中明确约定了工程承包人在发包人无法行使权利时，有权代表发包人进行诉讼，那么工程承包人就可以依据合同约定行使起诉权。
事实上的代表关系：在极少数情况下，如果工程承包人与发包人之间存在事实上的代表关系，且这种关系得到了法院的认可，那么工程承包人也可能获得代表发包人起诉实际施工人的权利。然而，这种情况通常需要严格的证据支持，并且法院在认定时会非常谨慎。
三、实际操作建议
审查合同和授权文件：工程承包人在考虑是否代表发包人起诉实际施工人时，应首先审查合同和授权文件，确认是否存在明确的授权或特别规定。
咨询法律意见：由于涉及复杂的法律关系和诉讼程序，工程承包人在决定是否起诉前，应咨询专业律师的法律意见，以确保自身行为的合法性和有效性。
准备充分证据：如果工程承包人认为自身有权代表发包人起诉实际施工人，那么应准备充分的证据来支持自己的主张，包括合同、授权文件、人格混同的证据等。
总结来说，工程承包人与发包人公司人格混同并不直接赋予工程承包人代表发包人起诉实际施工人的权利。但在特定情况下，如发包人明确授权、法律或合同特别规定或存在事实上的代表关系时，工程承包人可能获得起诉权。因此，在决定是否起诉前，工程承包人应仔细审查合同和授权文件，并咨询专业律师的法律意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。