在合同纠纷起诉后协商解决，对方支付的逾期金及起诉费，会计上应分别进行如下处理：
逾期金的处理：
- 确认收入：逾期金通常被视为因对方违约而获得的补偿性收入，根据会计准则，这部分收入应当确认为企业的营业收入或营业外收入，具体取决于逾期金的性质和企业的会计政策。如果逾期金与企业的主营业务直接相关，如销售合同中的逾期付款违约金，可计入营业收入；如果与主营业务关系不大，如因对方违约导致的赔偿金，则可计入营业外收入。
- 税务处理：确认收入的同时，需考虑相关税费的缴纳，如增值税（如果适用）、企业所得税等。企业应按照税法规定，计算并缴纳相应的税费。
起诉费的处理：
- 冲减诉讼费用：起诉费是企业为维护自身权益而发生的诉讼费用，原本应计入企业的管理费用或诉讼费用科目。在协商解决后，如果对方同意承担这部分费用，企业应将收到的起诉费冲减之前计提的诉讼费用，即减少管理费用或诉讼费用的支出。
- 会计凭证：企业应保留相关的会计凭证，如收据、银行转账记录等，以证明起诉费的收取和冲减情况，确保会计处理的合规性和准确性。
额外建议：
- 完善合同条款：为避免未来类似纠纷的发生，企业应在合同中明确约定违约责任和赔偿方式，包括逾期金的计算方法和支付方式等，以便在纠纷发生时有明确的依据。
- 加强风险管理：企业应建立完善的风险管理机制，对合同履行情况进行定期跟踪和评估，及时发现并处理潜在的风险点，降低合同纠纷的发生概率。
在处理此类会计事务时，企业应遵循相关会计准则和税法规定，确保会计处理的合规性和准确性。如有需要，可咨询专业会计师或税务师的意见。