核心结论：您可以与父亲签订一份书面的《房屋使用费及遗产处理协议》，明确约定父亲占用房屋期间的使用费支付方式、金额（或计算方式），以及父亲百年后该使用费从其遗产中归还给您等相关事宜。以下是具体分析和协议要点：

一、协议签订的必要性

1. 明确权利义务：通过书面协议，可以明确您作为房屋所有权人的权利，以及父亲作为房屋使用人的义务，包括使用费的支付等，避免未来可能出现的纠纷。
2. 保障遗产处理：协议中可以约定父亲百年后，其应支付的使用费从其遗产中归还给您，这有助于保障您的合法权益，确保遗产处理符合您的意愿。

二、协议要点

1. 双方信息：协议应明确您和父亲的基本信息，包括姓名、身份证号码等。
2. 房屋信息：详细描述房屋的地址、面积、产权证号等，确保协议涉及的房屋明确无误。
3. 使用费约定：
   • 支付方式：可以约定父亲按月、按季或按年支付使用费，也可以约定一次性支付。
   • 金额或计算方式：明确使用费的具体金额，或者约定一个计算方式（如按照市场租金的一定比例计算）。
   • 支付时间：约定父亲应在何时支付使用费，以及逾期支付的违约责任。
4. 遗产处理约定：
   • 归还方式：明确父亲百年后，其应支付的使用费从其遗产中归还给您。
   • 遗产范围：可以约定遗产的具体范围，或者明确遗产包括父亲名下的所有财产。
   • 执行方式：约定如何执行遗产归还，如通过遗嘱执行、法院判决等方式。
5. 其他条款：
   • 协议变更与解除：约定协议在何种情况下可以变更或解除，以及变更或解除的程序。
   • 争议解决：约定双方因协议产生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

三、协议示例（简化版）

房屋使用费及遗产处理协议

甲方（房屋所有权人）：[您的姓名]，身份证号码：[您的身份证号码]

乙方（房屋使用人）：[父亲的姓名]，身份证号码：[父亲的身份证号码]

鉴于甲方拥有位于[房屋地址]的房屋（产权证号：[产权证号]），乙方因居住需要，拟占用该房屋，并同意支付使用费。双方经友好协商，达成如下协议：

一、乙方占用甲方房屋期间，应按月向甲方支付使用费人民币[具体金额]元（或按照市场租金的一定比例计算）。

二、乙方应于每月[具体日期]前将使用费支付至甲方指定的银行账户。逾期支付的，每逾期一日，应按未支付金额的[具体比例]%向甲方支付违约金。

三、乙方百年后，其应支付的使用费（包括已支付但未足额的部分及未支付的部分）从乙方遗产中归还给甲方。乙方遗产包括但不限于乙方名下的所有财产。

四、本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份。

五、本协议未尽事宜，由双方协商解决；协商不成的，可向甲方所在地人民法院提起诉讼。

甲方（签字/盖章）：[您的签名/盖章]

乙方（签字/盖章）：[父亲的签名/盖章]

签订日期：[具体日期]

提醒：在签订协议前，建议您和父亲充分沟通，确保双方对协议内容无异议。如有需要，可以请专业律师对协议进行审查，以确保协议的合法性和有效性。如果您还有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。