针对您提出的“交通逃逸案件双方协商处理好了，对方也撤警了，交警如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，肇事逃逸属于严重的交通违法行为，即便双方已经协商好赔偿事宜，也不能直接撤案。法律程序的进行和处罚的执行并不完全受双方和解的影响。接下来，我将从法律程序和撤案流程两个方面为您详细阐述：
一、法律程序层面
配合调查与责任认定：
- 肇事逃逸者有义务配合交警部门的调查工作，如实陈述事故经过。
- 交警部门会根据现场勘查、当事人陈述、证人证言等证据，对事故责任进行认定，并制作交通事故责任认定书。
接受处罚：
- 依据相关法律法规，交警部门会对肇事逃逸行为作出处罚，包括罚款、吊销驾驶证，以及可能的行政拘留等。
- 如果肇事逃逸构成犯罪，将依法追究刑事责任，这包括刑事诉讼的侦查、审查起诉和审判阶段。
刑事诉讼的独立性：
- 刑事诉讼流程是独立的，不受双方和解的直接影响。即使双方达成和解，司法机关仍会继续推进案件侦查、审查起诉和审判。
二、撤案流程与注意事项（在特定条件下可能涉及）
虽然肇事逃逸案件一般不能直接撤案，但在某些特定条件下（如情节轻微、双方和解且社会危害性小等），可能存在撤案的可能性。不过，这需要严格遵循法定程序，并由司法机关决定。以下是可能的撤案流程及注意事项：
准备相关材料：
- 在双方达成书面和解协议后，肇事方需准备好和解协议、身份证等材料。
交管部门审核：
- 交通管理部门会对和解协议等进行认真审核，核实其真实性和合法性。这一步骤是确保撤案决定合法、公正的关键。
作出撤案决定（如适用）：
- 若审核通过，且符合撤案条件，交通管理部门会作出撤销案件的决定，并送达给双方当事人。但需注意，这一决定并非由双方自行决定，而是由司法机关根据法律规定和案件情况作出。
撤案后违法记录的处理：
- 撤案后，肇事方的违法记录会根据具体情况进行处理。一般来说，不会再追究其肇事逃逸的刑事责任，但相关档案中仍会记录该事件及其处理情况。
特别注意事项：
- 撤案并不意味着违法记录被完全消除，可能会对肇事方的个人信用记录、再次驾车等方面产生影响。
- 若后续发现新证据或情况，相关部门仍可重新启动调查和处理。
总结与建议：
肇事逃逸案件的处理涉及多个法律层面和程序，双方虽可达成和解，但法律程序的进行和处罚的执行不受和解影响。因此，我建议您：
- 肇事方应充分认识到自己行为的后果，积极配合交警部门的调查工作，并接受相应的处罚。
- 双方应就赔偿问题明确约定，形成书面和解协议，并确保协议的真实性和合法性。
- 如需撤案（在特定条件下），应严格按照法定程序进行，并咨询专业律师的意见以确保合法合规。
希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。