针对您提出的“政府机关接受虚开发票怎么处理”的问题，这是一个涉及税务管理和法律责任的重要议题。以下是我根据相关法律法规和税务实践，为您提供的详细解答：
一、虚开发票的定义与法律责任
首先，我们需要明确虚开发票的定义。根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，虚开发票主要包括以下几种情形：
- 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
- 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
- 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
对于虚开发票的行为，税务机关将依法进行处罚，包括没收违法所得、罚款等，并可能追究刑事责任。特别是对于政府机关或国家机关工作人员，如果明知是虚开的发票而予以退税或抵扣税款，将依法从重处罚。
二、政府机关接受虚开发票的处理方式
不予抵扣或退税：
- 对于取得的虚开发票，政府机关应按规定不予抵扣进项税款或不予出口退税。
- 如果已经抵扣了进项税款或取得了出口退税款，应依法追缴。
加强财务管理与查验：
- 政府机关应加强财务管理，建立严格的发票审核制度。
- 充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台、税务数字账户等，对取得的发票真伪进行查验。
- 对不符合规定的发票及时拒收，不作为财务凭证入账。
善意取得虚开发票的处理：
- 如果政府机关在不知情的情况下取得了虚开的专用发票用于进项抵扣或办理出口退税，且符合善意取得的条件（如能够证明交易的真实性、无主观故意等），则不以偷税或骗取出口退税论处。
- 但仍应按有关规定不予抵扣进项税款或不予出口退税；如果已经抵扣或退税，应依法追缴。
- 如果能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，则依法准予抵扣进项税款或出口退税。
异常扣税凭证的处理：
- 如果政府机关取得的增值税专用发票被列入异常凭证范围，应按照税务机关的规定处理，如暂不允许抵扣、作进项税额转出处理等。
- 如果对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请，并提交相关证明材料。经核实符合规定的，可继续申报抵扣或重新申报出口退税。
三、实际案例与处罚
以通辽市人民政府公开的案例为例，某公司因取得虚开增值税专用发票被税务机关处罚。该公司于2022年取得无真实运输业务的增值税专用发票共15份，涉案发票总计金额较大，且已抵扣增值税进项税额。税务机关依法对该公司的税收违法行为进行了定性，并处以罚款，同时要求补缴增值税和城市维护建设税。这一案例表明，政府机关或任何单位在接受发票时都必须严格审核，避免接受虚开发票。
四、建议与总结
- 加强内部管理：政府机关应建立健全的财务管理制度，加强对发票的审核和管理，确保发票的真实性和合法性。
- 提高法律意识：加强对相关法律法规的学习和宣传，提高工作人员的法律意识和风险意识，避免因疏忽或无知而接受虚开发票。
- 积极配合税务机关：如果发现接受虚开发票的情况，应积极配合税务机关的调查和处理工作，及时补缴税款和滞纳金，减少损失和风险。
综上所述，政府机关在接受发票时必须严格审核和管理，避免接受虚开发票。如果发现接受虚开发票的情况，应依法进行处理并加强内部管理以防止类似情况再次发生。