店铺转让纠纷主要涉及的案由包括合同纠纷、物权纠纷和侵权纠纷，具体适用哪种案由需根据纠纷的实际情况来确定。以下是对这几种案由的详细解释和举例：

一、合同纠纷

店铺转让过程中，最常见的纠纷类型就是合同纠纷。这通常发生在转让双方就店铺转让事宜签订了书面合同，但在合同的履行、解释、变更、解除或终止等方面产生了争议。

• 适用情形：

  • 租赁合同纠纷：如果店铺转让涉及到店铺租赁合同的变更、转租等问题，且纠纷围绕租赁关系产生，比如原承租人未经房东同意擅自转让店铺，或者转让后新承租人对租赁条款有争议。
  • 转让合同纠纷：当转让方未按照合同约定交付店铺的相关设备、证件，或者受让方未按约定支付转让费用等。

• 举例：

  • 假设甲将其承租的店铺转让给乙，但未告知乙房东禁止转租的情况。房东得知后要求收回店铺，导致乙遭受损失。这种情况下，乙可以依据租赁合同纠纷向甲主张权利。
  • 又如，甲与乙签订店铺转让合同，约定交接店内所有设备。但交接时乙发现部分设备损坏或缺失，与合同约定不符，拒绝支付剩余款项。这种情况下，甲可以依据转让合同纠纷向乙主张权利。

二、物权纠纷

在店铺转让过程中，如果涉及店铺内某些特定财产（如特殊设备、装修附着物等）的所有权归属争议，可能会引发物权纠纷。

• 适用情形：所有权确认纠纷。例如，转让方声称某些设备是自己购买且所有权保留，而受让方认为这些设备已随店铺转让一并归属自己。

• 举例：甲转让店铺给乙，店内有一台昂贵的专业设备。甲认为该设备是自己向第三方租赁且未到期，不属于转让范围；而乙则认为该设备应随店铺整体转让而归自己所有。这种情况下，双方可以依据物权纠纷向法院提起诉讼，请求确认设备的所有权归属。

三、侵权纠纷

店铺转让还可能涉及侵权纠纷，特别是当店铺具有独特的经营模式、客户信息等商业秘密时。

• 适用情形：商业秘密侵权纠纷。如果受让方未经转让方授权泄露或使用这些商业秘密，给转让方造成损失，可能引发此类纠纷。

• 举例：甲经营的店铺有一套独特的秘制酱料配方作为商业秘密。转让店铺给乙后，乙未经甲同意将配方透露给其他竞争对手，导致甲的生意受损。这种情况下，甲可以依据侵权纠纷向乙主张权利，要求乙承担侵权责任。

四、法律建议

在处理店铺转让纠纷时，我建议你：

1. 核查转让协议：首先确认转让协议中是否包含了债务承担、资质过户、违约责任等关键条款。如果协议模糊或存在遗漏，可以依据《民法典》的相关规定要求补充解释或协商补充协议。

2. 固定证据链：保存好转让过程中的所有相关证据，如转账记录、聊天记录、交接清单等。这些证据在后续解决纠纷时将起到至关重要的作用。

3. 优先协商调解：在纠纷发生后，可以尝试通过第三方（如行业协会、商会）进行居中协调，以降低诉讼成本和时间成本。

4. 法律途径维权：如果协商调解无果，可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，可以依据相关法律法规和证据材料来维护自己的合法权益。

如果你在处理店铺转让纠纷时遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。