结论：营业执照上没有股东只有法人，私下签订的股东协议在满足一定条件下是有效的，但也可能因多种原因而无效，且其效力范围可能存在限制。以下是对此问题的详细分析：

一、协议有效的条件

1. 行为人具有相应的民事行为能力：

   • 协议双方，即股东（或拟成为股东的人）和法人，必须具备相应的民事行为能力。股东若为自然人，应为完全民事行为能力人；若为法人，则需在其经营范围内活动。

2. 意思表示真实：

   • 协议内容应反映双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。双方应在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成协议。

3. 不违反法律法规的强制性规定：

   • 协议内容必须符合现行法律法规的规定，不得违反法律的强制性条款。例如，协议不得涉及非法集资、洗钱等违法行为。

4. 不违背公序良俗：

   • 协议内容还应符合社会公共秩序和善良风俗，不能损害社会公共利益或行业公平竞争环境。

5. 形式合法：

   • 虽然营业执照上未显示股东，但私下签订的股东协议仍需遵守形式合法的原则。根据法律规定，某些协议可能需要采用书面形式，并可能需要盖章、签字或按手印等程序。

6. 公司内部程序合规：

   • 如果协议涉及公司事务，如股权转让、增资扩股等，还需考虑公司章程或相关法律规定是否要求经过其他股东同意或公司机关批准。未经必要程序的协议可能被视为无效。

二、协议无效的情形

1. 违反法律法规的强制性规定：

   • 如协议内容违法，如通过虚假交易转移公司资产逃避债务，将直接导致协议无效。

2. 违背公序良俗：

   • 协议若严重损害社会公共利益或行业公平竞争环境，也将被认定为无效。

3. 恶意串通，损害他人合法权益：

   • 如果股东与法人恶意串通签订协议，损害其他股东、债权人或第三人权益的，该协议同样无效。

三、协议的效力范围

• 对内效力与对外效力有别：
  • 即使协议在内部有效，其效力也可能不对抗善意第三人。例如，股东与法人私下约定公司债务由某一股东承担，但这一约定不能对抗不知情的公司债权人。债权人仍有权要求公司承担债务，公司在承担后可依据内部协议向该股东追偿。

四、实际操作建议

1. 完善公司登记信息：

   • 如果营业执照上未显示股东信息，但实际存在股东，建议尽快完善公司登记信息，以明确股东身份和权益。

2. 签订书面协议并遵守形式要求：

   • 私下签订股东协议时，应确保协议采用书面形式，并遵守相关法律法规和公司章程规定的形式要求，如盖章、签字等。

3. 咨询专业法律意见：

   • 在签订协议前，建议向我咨询，以确保协议内容的合法性和有效性，并避免潜在的法律风险。

举例说明：假设A公司和B公司的法人代表私下签订了一份股权转让协议，但A公司的营业执照上并未显示B公司或其法人代表为股东。如果这份协议满足上述有效条件，且经过了A公司其他股东的同意（如果公司章程有此要求），那么这份协议在内部是有效的。然而，如果这份协议违反了法律法规的强制性规定，或者损害了其他股东、债权人的权益，那么它可能被视为无效。

总结：营业执照上没有股东只有法人，私下签订的股东协议在满足一定条件下是有效的，但也可能因多种原因而无效。在签订协议前，请务必确保协议内容的合法性和有效性，并咨询我的专业意见。