合同丢失一般情况下不会直接影响公司赔偿，但可能影响赔偿主张的举证过程。以下从不同角度为你详细分析：

从合同性质与赔偿关系角度

合同是双方设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。公司赔偿通常基于合同中的约定条款，比如违约责任条款、损害赔偿条款等。如果合同丢失，但公司能够通过其他方式证明合同的存在以及其中的关键内容，例如有合同签订时的邮件往来记录、聊天记录，其中提及了合同的主要条款；或者有合同履行过程中的相关凭证，如送货单、验收单等，这些凭证能够与合同内容相互印证，那么合同丢失就不会对公司主张赔偿产生实质性的阻碍。

举例来说，甲乙两公司签订了一份货物买卖合同，约定甲公司向乙公司供应货物，若甲公司逾期交货需支付违约金。后来合同丢失，但甲公司有乙公司催货的邮件，邮件中明确提到了合同约定的交货时间和违约金条款，同时甲公司还有向乙公司送货的物流单据以及乙公司的验收单，这些证据足以证明合同的存在以及甲公司逾期交货的事实，那么甲公司依然可以依据合同约定向乙公司主张逾期交货的违约金赔偿。

从举证责任角度

在合同纠纷中，主张赔偿的一方需要承担举证责任，证明对方存在违约行为以及自己因此遭受的损失。合同是重要的证据之一，但并非唯一证据。如果合同丢失，公司需要积极收集其他证据来支持自己的赔偿主张。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，证据包括当事人的陈述、书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言、鉴定意见、勘验笔录等。公司可以收集上述其他类型的证据来证明合同的内容以及对方的违约行为。例如，如果有证人能够证明合同签订的过程以及其中的关键条款，或者有电子数据如合同签订时的录音、录像等，这些都可以作为证据使用。

从特殊情况角度

如果合同丢失，且公司无法提供其他证据来证明合同的存在以及其中的关键内容，那么可能会对公司主张赔偿产生不利影响。在这种情况下，对方可能会否认合同的存在或者对合同条款提出异议，导致公司难以证明自己的赔偿主张。

例如，丙公司和丁公司签订了一份合作协议，约定双方共同投资一个项目，利润按照一定比例分配。后来合同丢失，丙公司无法提供其他证据证明合作协议的存在以及利润分配比例，而丁公司则否认存在这样的合作协议。在这种情况下，丙公司就很难向丁公司主张按照约定比例分配利润的赔偿。

给你的建议：

1. 尽快寻找替代证据：一旦发现合同丢失，公司应立即组织人员寻找其他能够证明合同存在以及关键内容的证据，如上述提到的邮件、聊天记录、物流单据等。
2. 与对方协商：在寻找替代证据的同时，公司可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成一个补充协议或者和解协议，明确双方的权利义务以及赔偿事宜。
3. 咨询专业律师：如果合同丢失对公司主张赔偿产生了较大影响，且公司无法自行解决，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况，为公司制定合适的诉讼策略，帮助公司收集证据，维护公司的合法权益。

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