工程结算书修改后，应按照以下步骤处理以确保其合法性和有效性：

1. 确认修改原因与合法性
   首先需明确修改工程结算书的原因（如计算错误、项目增减、合同条款调整等），并确保修改内容符合原合同约定及法律规定。若修改涉及合同实质性条款（如价款、工期），需双方协商一致并签署补充协议，避免单方修改引发纠纷。

2. 双方签字盖章确认
   修改后的结算书必须经发承包双方（或授权代表）签字并加盖公章或合同专用章，以证明双方对修改内容的认可。若一方拒绝签字，需通过书面函件、会议纪要等方式固定证据，必要时可申请第三方机构（如造价咨询公司）审核或通过诉讼/仲裁解决。

3. 留存修改过程证据
   保存修改前后的结算书版本、沟通记录（邮件、微信等）、会议纪要等材料，形成完整证据链。若修改因一方过错导致（如发包方拖延审核、承包方虚报工程量），可依据证据主张违约责任或调整价款。

4. 及时办理结算手续
   修改确认后，应按合同约定时间提交结算报告并办理支付手续。若合同未约定时间，根据《民法典》规定，发包方应在收到结算文件后合理期限内（通常为28天）审核完毕，逾期未回复视为认可结算金额。

5. 防范后续争议风险

   • 若修改涉及重大变更，建议同步修订施工合同或签订补充协议，明确权利义务；
     
   • 对争议部分可约定“暂定价”或“按实际发生量结算”，避免后续扯皮；
     
   • 定期跟进付款进度，对逾期支付可主张利息或违约金。

特殊情形处理：

• 若修改因政府审计、财政评审等外部程序导致，需在合同中明确审计结果作为结算依据的条款，并留存送审凭证；
  
• 若一方对修改内容提出异议，可共同委托第三方造价机构鉴定，或通过调解、诉讼解决。
  

如有具体修改内容或合同条款需要分析，可直接向我提供细节，我将进一步结合法律实务给出针对性建议。