结论前置：超时未支付乙方将收取违约金，这一约定在符合法律规定的条件下是合法的。下面我将从多个角度为您详细分析。
一、法律背景与依据
《民法典》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这表明，在合同中约定违约金是法律所允许的。
违约金的性质与目的：
- 违约金具有补偿性和惩罚性双重性质。它旨在补偿守约方因违约行为所遭受的损失，并在一定程度上惩罚违约方，以维护合同的严肃性和交易秩序。
二、合法性的具体分析
合同自由原则：
- 在合同纠纷中，合同自由原则是一项基本原则。只要双方当事人在平等、自愿的基础上，通过协商一致达成合意，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该合同条款就是有效的。因此，在租赁合同中约定超时未支付将收取违约金，是双方合同自由的表现，只要该约定不违反法律强制性规定，就是合法的。
违约金的合理性：
- 虽然法律允许约定违约金，但违约金的数额应当合理。如果违约金过高或过低，都可能引发法律问题。根据《民法典》及相关司法解释，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。因此，在约定违约金时，应确保其数额与可能造成的损失相匹配，以体现其合理性。
三、实际操作中的建议
明确约定违约金条款：
- 在签订租赁合同时，双方应明确约定超时未支付的违约金条款，包括违约金的数额或计算方法、支付时间等。这有助于减少后续纠纷的发生，并保障双方的合法权益。
注意违约金的合理性：
- 在约定违约金时，应充分考虑可能造成的损失，并确保违约金的数额与之相匹配。避免约定过高或过低的违约金，以免引发法律纠纷。
及时行使权利：
- 如果一方超时未支付租金，另一方应及时行使权利，要求支付违约金或采取其他法律措施。这有助于维护合同的严肃性和交易秩序，并保障自身的合法权益。
四、可能的法律后果
如果违约金约定合法且合理：
- 如果违约金约定合法且合理，且一方确实存在超时未支付租金的行为，那么另一方有权要求支付违约金，并可能通过法律途径追究违约方的责任。
如果违约金约定过高或过低：
- 如果违约金约定过高或过低，且一方提出异议，那么人民法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求对违约金数额进行调整。这可能导致实际支付的违约金数额与合同约定的数额不一致。
总结与建议：超时未支付乙方将收取违约金，在符合法律规定的条件下是合法的。在签订租赁合同时，双方应明确约定违约金条款，并注意违约金的合理性。如果一方存在超时未支付租金的行为，另一方应及时行使权利，要求支付违约金或采取其他法律措施。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。