手机被偷且被刷机，可按照以下步骤进行立案：

1. 立即报警并提交证据
   手机被盗后，应第一时间携带能证明手机归属的证据（如购买发票、电子保修卡、手机盒IMEI号、手机账号绑定记录等）前往案发地派出所报案。警方会根据《刑事诉讼法》第110条对案件进行初步审查，若符合盗窃罪立案标准（如盗窃金额达到当地“数额较大”标准，通常为1000-3000元以上），会正式立案并开展侦查。

2. 明确案件性质与管辖

   • 若手机被盗时处于公共场所或他人可控范围（如餐厅、公交），通常按普通盗窃罪处理；
     
   • 若盗窃手段涉及技术破解（如通过刷机绕过账号锁），可能同时触犯《刑法》第286条“破坏计算机信息系统罪”，但实践中多以盗窃罪为主罪追究。
     
   • 管辖权原则上由案发地公安机关负责，若嫌疑人已被抓获或手机被追回，也可由扣押地公安机关处理。

3. 配合警方调查与取证

   • 提供手机被盗的具体时间、地点、嫌疑人特征等线索；
     
   • 若手机已刷机，可要求警方通过技术手段（如调取刷机记录、监控视频）追踪手机去向；
     
   • 若手机绑定账号（如Apple ID、华为账号），可协助警方通过账号登录记录锁定嫌疑人位置。

4. 关注立案后的进展

   • 警方立案后，会出具《受案回执》和《立案告知书》，可据此查询案件进展；
     
   • 若手机被追回，需携带身份证、立案证明等材料前往公安机关认领；
     
   • 若案件长期未破，可定期向警方询问进展，或通过检察机关申请立案监督。

补充说明：

• 刷机行为本身不直接影响立案，但可能增加侦查难度（如清除原始数据）；
  
• 若手机价值未达刑事立案标准，可要求警方按《治安管理处罚法》第49条对嫌疑人进行行政处罚（如拘留、罚款），并追偿损失；
  
• 立案后，可同步向法院提起民事诉讼，要求嫌疑人赔偿手机损失（需提供购买凭证等证据）。
  

如有进一步疑问（如证据收集、赔偿计算等），可直接向我咨询。