农村自建房超占部分，法院一般会根据具体情况判决拆除超占部分、恢复原状，或者要求补办相关手续并缴纳罚款等。具体来说，法院的判决会考虑以下几个关键因素：

1. 超占面积的合法性：

   • 如果超占部分未经相关部门批准，属于违法建筑，那么根据《土地管理法》和《城乡规划法》的相关规定，法院很可能会判决拆除超占部分，恢复土地原状。这是因为违法建筑侵犯了集体土地所有权，破坏了城乡规划秩序，必须予以纠正。

2. 超占行为的性质与后果：

   • 法院会考虑超占行为的性质，比如是故意为之还是因疏忽导致，以及超占行为是否对他人权益或公共利益造成了实际损害。如果超占行为性质恶劣，后果严重，法院可能会加重处罚，除了拆除超占部分外，还可能要求赔偿损失或承担其他法律责任。

3. 补办手续的可能性：

   • 在某些情况下，如果超占部分可以通过补办相关手续（如规划许可、用地审批等）来合法化，且当事人愿意积极配合补办手续并缴纳相应费用，法院可能会考虑给予一定的宽限期，要求当事人在规定时间内完成补办手续。但这种情况通常较为严格，需要满足一系列条件。

4. 地方政策与规定：

   • 不同地区对于农村自建房超占问题的处理政策可能有所不同。法院在判决时会参考当地的具体政策和规定，确保判决结果既符合法律法规，又符合地方实际情况。

行动建议：

• 及时咨询：如果你面临农村自建房超占的问题，建议及时咨询当地相关部门或专业律师，了解具体政策和法律规定，以便采取合适的应对措施。
• 积极配合：如果法院判决要求你拆除超占部分或补办手续，建议你积极配合执行，避免因拒不执行而面临更严重的法律后果。
• 保留证据：在处理过程中，注意保留相关证据（如建房合同、审批文件、现场照片等），以便在需要时证明自己的权益或主张。