结论：出租商铺时，承租方公司不配合去备案，这一行为本身并不直接构成违法，但可能违反租赁合同中的相关约定，并可能引发一系列不利后果。以下是对此问题的详细分析：
一、备案的法律要求与性质
备案的法律性质：商铺租赁备案通常是为了保障租赁双方的权益，确保租赁活动的合法性和规范性。它并非一种行政许可，而是一种管理性的要求，旨在便于政府相关部门对租赁市场进行监管。
备案的法律依据：根据《商品房屋租赁管理办法》等相关规定，房屋租赁合同订立后三十日内，房屋租赁当事人应当到租赁房屋所在地直辖市、市、县人民政府建设（房地产）主管部门办理房屋租赁登记备案。然而，这一规定主要针对的是租赁双方，即出租人和承租人，而非特指承租方公司。
二、承租方公司不配合备案的法律后果
合同违约：如果租赁合同中明确约定了承租方有配合办理备案的义务，而承租方公司拒绝配合，则构成违约。出租方有权依据合同约定要求承租方承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
影响权益保障：未办理备案可能影响租赁双方在租赁期间的权益保障。例如，在发生纠纷时，未备案的租赁合同可能难以作为有效证据被法院采纳，从而影响出租方的维权效果。
潜在行政处罚：虽然承租方公司不配合备案本身不直接构成违法，但如果出租方因此未能按时办理备案手续，且出租方存在过错（如未积极催促承租方配合），则出租方可能面临相关部门的行政处罚，如罚款等。不过，这一后果主要针对的是出租方，而非承租方公司。
三、建议与措施
审查租赁合同：出租方应首先审查租赁合同，确认其中是否明确约定了承租方有配合办理备案的义务。如有约定，出租方可以依据合同要求承租方配合。
积极沟通协商：出租方应与承租方公司进行积极沟通，说明备案的重要性和必要性，争取承租方的理解和配合。
寻求法律途径：如果承租方公司坚持不配合备案，且租赁合同中有相关约定，出租方可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
关注备案时限：出租方应关注备案的时限要求，确保在合同订立后三十日内完成备案手续。如因承租方原因导致无法按时备案，出租方应及时采取措施避免自身承担不必要的法律责任。
总结：虽然承租方公司不配合去备案本身不直接构成违法，但可能违反租赁合同中的相关约定，并可能引发一系列不利后果。因此，出租方应积极与承租方沟通协商，确保租赁活动的合法性和规范性。如有需要，出租方可以随时向我咨询相关法律问题。