核心结论：法院判决合同到期后，土地上自建的合法房屋一般需按合同约定、法律规定及实际情况处理，常见处理方式包括返还土地及拆除房屋、折价补偿后取得房屋所有权、协商续期或另行约定等。以下是具体分析：
- 按合同约定处理
- 如果原土地租赁或使用合同中明确约定了合同到期后地上建筑物的处理方式，比如约定合同到期后房屋归土地所有权人所有，或者约定承租人需自行拆除房屋恢复土地原状等，那么双方应当按照合同约定执行。这是基于合同自愿原则，双方在签订合同时已经对各自的权利义务进行了明确约定，合同到期后自然应依约履行。
- 例如，甲乙双方签订土地租赁合同，约定甲将土地出租给乙用于建设厂房，租赁期限为10年，合同到期后厂房归甲所有。那么10年合同期满后，乙就应当按照合同约定将厂房交给甲，而不能再主张对厂房的权利。
- 无约定时根据法律规定处理
- 返还土地及拆除房屋：在合同没有约定或者约定不明确的情况下，一般来说，土地使用权到期后，土地应返还给原所有权人或出让人。对于地上自建的合法房屋，如果房屋是附着在土地上且与土地不可分割的，在返还土地时，房屋可能也需要一并处理。如果房屋的所有权归属于土地所有权人，那么承租人或使用人可能需要拆除房屋并将土地恢复原状后返还。但拆除房屋可能会给承租人或使用人造成一定的损失，这种情况下，如果拆除房屋并非承租人或使用人的过错导致，且拆除会对房屋造成较大损害，承租人或使用人可以要求土地所有权人给予一定的补偿。
- 折价补偿后取得房屋所有权：如果土地所有权人希望取得地上房屋的所有权，而承租人或使用人也同意，那么土地所有权人可以对房屋进行折价补偿，从而取得房屋的所有权。折价补偿的金额可以根据房屋的建造成本、使用年限、市场价值等因素综合确定。例如，丙在丁的土地上自建了一栋住宅，合同到期后，丁希望取得该住宅的所有权，经双方协商，丁按照当前市场价值的一定比例对丙进行了补偿，丙将住宅交付给丁，丁取得了住宅的所有权。
- 协商续期或另行约定：合同到期后，双方也可以协商续期或者对地上建筑物的处理另行作出约定。如果双方都有继续合作的意愿，可以通过签订新的合同来延长土地使用期限，并明确地上建筑物的归属和处理方式。这种方式可以避免因合同到期而产生的纠纷，保障双方的合法权益。比如，戊和己签订的土地使用合同到期后，双方认为合作愉快，决定继续合作，于是重新签订了一份合同，约定再延长5年的使用期限，同时对地上原有的建筑物进行了评估，并在新合同中明确了建筑物的归属和使用方式。
在实际处理过程中，可能会涉及到复杂的法律关系和利益平衡问题，如果双方无法自行协商解决，建议及时通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有相关的法律问题，可以直接向我咨询。