结论前置：侵占集体土地非法获利百万元，应当退还集体，并且可能面临其他法律责任。以下从多个角度进行分析：
一、法律责任角度
民事责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵占集体土地属于侵犯集体财产权的行为。集体作为土地的所有权人，有权要求侵占者返还土地并赔偿因此造成的损失。非法获利部分，作为因侵权行为所获得的利益，也应当返还给集体。
行政责任：
- 侵占集体土地还可能违反土地管理法规，面临行政处罚。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
刑事责任：
- 如果侵占集体土地的行为情节严重，构成犯罪的，还将面临刑事处罚。例如，非法转让、倒卖土地使用权罪，非法占用农用地罪等。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，这些犯罪行为可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。非法获利部分，作为犯罪所得，也会被依法追缴。
二、非法获利退还角度
退还的必然性：
- 非法获利是基于侵占集体土地这一违法行为所获得的利益，其本质属于集体的财产。因此，从法律原则和道德准则出发，非法获利都应当退还集体。
退还的方式：
- 退还非法获利通常需要通过法律程序进行，如民事诉讼、行政处罚决定中的退还条款等。在法律程序中，法院或行政机关会依法判决或决定侵占者退还非法获利给集体。
退还后的处理：
- 退还后的非法获利将归集体所有，由集体按照相关规定进行管理和使用。这有助于维护集体的财产权益，促进集体的经济发展和社会稳定。
三、实际操作建议
收集证据：
- 如果发现有人侵占集体土地并非法获利，集体应当首先收集相关证据，如土地权属证明、侵占行为照片或视频、非法获利的相关凭证等。这些证据将有助于后续的法律程序。
寻求法律帮助：
- 集体可以委托专业律师进行法律咨询和代理，以便更好地维护自己的权益。律师将协助集体收集证据、起草法律文书、参与法律程序等。
依法维权：
- 在收集到足够证据后，集体可以通过民事诉讼、行政投诉或刑事报案等方式依法维权。在维权过程中，集体应当遵守法律程序，积极配合法院或行政机关的工作。
总结与启示：侵占集体土地非法获利百万元的行为是违法的，不仅应当退还非法获利给集体，还可能面临民事、行政和刑事责任。因此，建议集体在发现此类行为时及时收集证据并寻求法律帮助，依法维护自己的权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。