非法占用集体土地谋利百万，相关违法所得必须退出来。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。非法占用土地，特别是集体土地，并谋取私利，是严重的违法行为。对于此类行为，法律不仅规定了相应的行政处罚，如责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等，还规定了对于违法所得的追缴和处罚。
二、违法所得的退还
违法所得的定义：违法所得通常指的是通过违法行为所获得的全部收入，包括但不限于直接的经济收益和间接的利益。在非法占用集体土地谋利的情境中，违法所得可能包括土地租金、转让土地所得款项、利用土地进行经营活动所获得的利润等。
退还的必要性：退还违法所得是法律对违法行为的一种制裁方式，旨在剥夺违法行为人通过违法行为所获得的利益，恢复被侵害的法律关系和社会秩序。同时，退还违法所得也是违法行为人承担法律责任的一种表现，有助于维护法律的权威性和公正性。
退还的程序：在司法实践中，退还违法所得通常需要通过法律程序进行。这可能包括行政机关的处罚决定、法院的判决或裁定等。违法行为人应当积极配合相关机关的工作，按照要求退还违法所得。
三、可能的法律后果
行政处罚：非法占用集体土地的行为可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令退还土地等。这些处罚旨在惩罚违法行为人，并防止其继续实施违法行为。
刑事责任：如果非法占用集体土地的行为情节严重，构成犯罪的，还可能面临刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法占用农用地罪等罪名可能适用于此类行为。一旦定罪，违法行为人可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
民事赔偿：除了行政处罚和刑事责任外，非法占用集体土地的行为还可能引发民事赔偿纠纷。如果违法行为人的行为给集体或其他个人造成了损失，那么其可能需要承担相应的民事赔偿责任。
四、建议与措施
立即停止违法行为：如果发现自己或他人正在非法占用集体土地谋利，应立即停止该行为，并主动向相关部门报告情况。
积极配合调查：在相关部门进行调查时，应积极配合并提供相关证据和信息，以便尽快查明事实真相并依法处理。
寻求法律帮助：如果面临法律纠纷或处罚，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益并了解相关法律程序和规定。
综上所述，非法占用集体土地谋利百万是严重的违法行为，相关违法所得必须退出来。违法行为人应积极配合相关机关的工作，按照要求退还违法所得，并承担相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。