非法占用国有土地，土地应退还给代表国家行使土地管理职能的县级以上人民政府自然资源主管部门。以下是对此问题的详细分析：
一、非法占用国有土地的法律性质
非法占用国有土地，是指未经合法批准或者采取欺骗手段骗取批准，擅自占用国有土地的行为。这种行为违反了土地管理法律法规，破坏了土地资源的合理利用和保护，因此必须受到法律的制裁。
二、土地退还对象的确定
在非法占用国有土地的情况下，土地应退还给代表国家行使土地管理职能的县级以上人民政府自然资源主管部门。这是因为国有土地属于国家所有，由国务院代表国家行使所有权。在实际操作中，县级以上人民政府自然资源主管部门作为土地管理的具体执行机构，负责土地资源的保护、利用和监督管理工作。因此，当土地被非法占用时，应由该部门负责接收退还的土地，并恢复其原有的土地利用状态。
三、相关法律后果
行政处罚：非法占用国有土地的行为，将面临县级以上人民政府自然资源主管部门的行政处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及可能并处的罚款等。
刑事责任：如果非法占用国有土地的行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法占用农用地罪等罪名可能适用于此类情况，具体刑罚将根据犯罪情节的严重程度来确定。
四、实际操作建议
立即停止非法占用行为：一旦发现非法占用国有土地的行为，应立即停止，并主动与县级以上人民政府自然资源主管部门联系，了解退还土地的具体程序和要求。
配合调查处理：在退还土地的过程中，应积极配合相关部门的调查处理工作，提供必要的资料和证据，以便相关部门能够准确了解情况并作出合理的处理决定。
寻求法律帮助：如果对退还土地的程序、要求或者可能面临的法律后果有疑问或担忧，建议及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，非法占用国有土地时，土地应退还给代表国家行使土地管理职能的县级以上人民政府自然资源主管部门。在处理此类问题时，应严格遵守相关法律法规的规定，积极配合相关部门的调查处理工作，并寻求必要的法律帮助。