船长酒驾的处理需根据具体情境，结合海事法律与国内交通法规综合判定，主要分为以下两种情况：

1. 船舶处于航行状态时
   根据《中华人民共和国海上交通安全法》及《内河交通安全管理条例》，船长在航行期间饮酒驾驶属于严重违法行为。处理方式包括：

   • 行政处罚：海事部门可对船长处以警告、罚款（通常为5000元至3万元）、暂扣或吊销船员适任证书；
     
   • 刑事责任：若因酒驾导致重大事故（如船舶碰撞、人员伤亡），可能构成《刑法》第133条“危险驾驶罪”或“交通肇事罪”，面临拘役、有期徒刑及罚金；
     
   • 行业禁入：严重违规者可能被列入海事信用黑名单，限制从业资格。

2. 船舶停泊或靠岸时
   若船长在船舶停泊期间驾驶陆上车辆（如从码头到住所），则适用《道路交通安全法》中关于酒驾的规定：

   • 血液酒精含量≥20mg/100ml：暂扣6个月驾驶证，处1000-2000元罚款；
     
   • 血液酒精含量≥80mg/100ml：构成危险驾驶罪，处拘役1-6个月，并处罚金，同时吊销驾驶证且5年内不得重考；
     
   • 引发事故：根据后果严重程度，可能升级为交通肇事罪或以危险方法危害公共安全罪。

特殊情形说明：

• 若船长同时违反海事法规与道路交通法规（如航行中酒驾且靠岸后驾驶车辆），可能面临行政处罚与刑事处罚的并罚；
  
• 涉外船舶需遵守《联合国海洋法公约》及船旗国法律，但在中国管辖水域内，中国法律具有优先适用权。

建议：

1. 船长应严格遵守“航行期间零酒精”原则，即使少量饮酒也可能因海上环境复杂（如风浪、疲劳）导致判断力下降，引发事故；
   
2. 若已饮酒，应立即交接指挥权给其他合格船员，并主动报告海事部门；
   
3. 发生事故后，需第一时间保护现场、救助伤员，并配合调查，避免逃逸或伪造证据导致罪责加重。
   

如有具体案件细节（如酒精含量、事故后果等），可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性法律分析。