结论：公司被收购时，员工是否可以自主选择继续留任或拿补偿离职，并非绝对，而是取决于收购协议的具体条款、相关法律法规以及员工与公司的协商结果。以下从不同角度进行详细分析：
一、收购协议的影响
收购协议中的员工安置条款：
- 在公司被收购的过程中，收购方与被收购方通常会就员工安置问题达成协议。这些条款可能包括员工留任的条件、薪酬福利的调整、离职补偿的标准等。
- 如果收购协议中明确规定了员工有权选择继续留任或拿补偿离职，那么员工就可以根据自己的意愿做出选择。
无明确规定时的处理：
- 如果收购协议中没有明确规定员工的选择权，那么员工的选择将受到相关法律法规的约束，以及与公司协商的结果。
二、相关法律法规的约束
劳动合同法的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司被收购并不直接导致劳动合同的终止。原劳动合同继续有效，由收购方继续履行。
- 如果收购导致劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且双方未能就变更劳动合同内容达成协议，那么公司可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同，并支付相应的经济补偿。
经济补偿的计算：
- 经济补偿的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资水平。具体计算公式为：经济补偿 = 工作年限 × 月工资。其中，月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 如果员工的月工资高于公司所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
三、员工与公司的协商
协商的重要性：
- 在公司被收购的情况下，员工与公司之间的协商至关重要。员工可以表达自己的意愿和诉求，公司也可以根据实际情况和收购协议的规定，与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
协商的内容：
- 协商的内容可能包括留任的条件、薪酬福利的调整、离职补偿的标准、离职时间等。员工可以根据自己的实际情况和职业规划，与公司进行充分的沟通和协商。
四、建议与决策
了解收购协议的具体内容：
- 员工应首先了解收购协议中关于员工安置的具体条款，明确自己的权利和义务。
评估个人情况与职业规划：
- 员工应评估自己的个人情况，包括工作稳定性、职业发展机会、经济利益等，以及职业规划，考虑是否继续留任或选择离职。
与公司进行协商：
- 员工应与公司进行充分的沟通和协商，表达自己的意愿和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
做出明智的选择：
- 在综合考虑收购协议、相关法律法规以及个人情况与职业规划的基础上，员工应做出明智的选择，确保自己的权益得到保障。
举例说明：假设某员工在公司被收购时，收购协议中明确规定了员工有权选择继续留任或拿补偿离职。该员工根据自己的职业规划和经济状况，决定选择离职并获取经济补偿。那么，该员工就可以依据收购协议和相关法律法规的规定，与公司协商离职补偿的标准和离职时间，并最终达成协议。
后续思考：在公司被收购的情况下，员工应密切关注收购协议的签订和执行情况，及时了解自己的权利和义务。如果遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。