核心结论：针对家庭承包户只有母亲一人，户主却是儿子这种情况，需要分不同情形来处理，主要涉及土地承包经营权归属以及家庭成员权益保障问题，以下是具体分析。

从土地承包经营权归属角度

1. 若土地承包经营权登记在母亲名下
   • 法律分析：根据农村土地承包相关法律规定，土地承包经营权以登记为准。在这种情况下，母亲作为土地承包经营权的登记人，对该承包地享有合法的承包经营权。儿子虽然是户主，但并不直接当然地获得土地承包经营权。
   • 处理建议：母亲可以自主决定如何经营、使用该承包地，包括自己耕种、流转给他人等。如果儿子想要获得土地承包经营权，需要与母亲协商一致，通过合法的流转方式，如转包、出租、互换、转让等，并依法办理相关手续。例如，若采取转让方式，需要经发包方同意；若采取转包、出租、互换方式，应当报发包方备案。
2. 若土地承包经营权实际是以家庭为单位承包，但登记存在瑕疵等情况
   • 法律分析：在农村土地承包初期，很多是以家庭为单位进行承包的。如果实际上是以母亲和儿子等家庭成员共同组成的家庭为单位承包了土地，只是由于各种原因登记在了母亲一人名下，那么从法律实质上来说，儿子等家庭成员对该承包地也享有一定的权益。
   • 处理建议：家庭成员可以协商确定各自对土地承包经营权的份额。如果协商不成，可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解，也可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院起诉，由法院根据实际情况进行判决，明确各自的权益份额。

从家庭成员权益保障角度

1. 母亲作为土地承包经营权人的权益保障
   • 法律分析：母亲作为土地承包经营权人，其合法权益受法律保护。儿子作为户主，不能侵犯母亲的土地承包经营权。如果儿子未经母亲同意，擅自处分承包地，如将土地流转给他人、在土地上进行非农建设等，母亲有权要求儿子停止侵害、恢复原状、赔偿损失等。
   • 处理建议：母亲要保留好土地承包经营权证书等相关证据，如果发现儿子有侵权行为，可以先与儿子协商解决；协商不成的，可以向村民委员会、乡（镇）人民政府等寻求帮助，也可以通过法律途径维护自己的权益。
2. 儿子作为家庭成员的权益保障
   • 法律分析：如果儿子对家庭承包地有实际的投入和贡献，或者依据当地的风俗习惯和家庭内部约定，儿子对土地承包经营权有一定的权益期待，那么儿子的合法权益也应得到保障。但这种权益的保障需要在法律框架内，通过合法的方式来实现。
   • 处理建议：儿子可以与母亲坦诚沟通，表达自己对土地承包经营权的想法和诉求。如果母亲同意给予儿子一定的权益，双方可以签订书面协议，明确各自的权利和义务。如果母亲不同意，儿子也不能采取过激的行为，而应通过合法的途径解决争议。

在处理这类问题时，要充分考虑家庭关系和实际情况，尽量通过协商的方式解决争议，以维护家庭的和谐稳定。如果遇到复杂的法律问题，欢迎随时向我咨询。