关于多式联运合同中的清关责任与诉讼时效问题，以下是我的详细解答：

一、清关责任

在多式联运合同中，清关责任通常取决于合同的约定以及适用的法律法规。一般来说，多式联运经营人负责整个运输过程，包括货物的装卸、搬运、仓储、运输以及清关等环节。然而，具体到清关责任，可能因合同条款的不同而有所差异。

1. 合同约定优先：如果多式联运合同中明确规定了清关责任由哪一方承担，那么应按照合同约定执行。例如，合同可能规定由托运人负责提供清关所需的文件和信息，而由多式联运经营人负责实际的清关手续。

2. 法律法规补充：在合同没有明确约定或约定不明确的情况下，应参照相关法律法规来确定清关责任。例如，根据《中华人民共和国海关法》等相关规定，进口货物的收货人或出口货物的发货人通常是清关的主体，负责向海关申报、缴纳税费等。但在多式联运中，这一责任可能因运输方式的复杂性和合同条款的约定而有所转移。

3. 实际案例参考：在实际操作中，多式联运经营人可能会与托运人或收货人约定，由经营人代为办理清关手续，并收取一定的费用。这种情况下，清关责任实际上由多式联运经营人承担。但需要注意的是，即使由经营人代为办理清关，托运人或收货人仍需提供必要的文件和信息，并承担因文件不全或信息不准确而导致的清关延误或失败的责任。

二、诉讼时效

关于多式联运合同的诉讼时效问题，这主要取决于适用的法律法规以及合同的具体约定。

1. 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，在多式联运合同中，如果一方认为另一方违反了合同约定或造成了损失，应在三年内提起诉讼或申请仲裁。

2. 特殊规定：然而，对于多式联运合同中的某些特定纠纷，如货物灭失或损坏的赔偿请求等，可能适用不同的诉讼时效规定。例如，根据《中华人民共和国海商法》的相关规定，就海上货物运输向承运人要求赔偿的请求权，时效期间为一年，自承运人交付或者应当交付货物之日起计算。在多式联运中，如果涉及海上运输段，则可能适用这一特殊规定。

3. 合同约定影响：此外，多式联运合同中的双方也可以约定更长的或更短的诉讼时效期间。但需要注意的是，这种约定不得违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。

建议：

• 在签订多式联运合同时，应明确约定清关责任以及诉讼时效等关键条款，以避免后续纠纷。
• 如果发生纠纷，应及时咨询专业律师，了解适用的法律法规和合同条款，以便采取合适的法律措施维护自身权益。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。