结论：针对有入股协议书但未进行工商登记的股东退股金时签订协议的问题，为确保没有后顾之忧，关键在于协议内容的全面性和合法性，以及确保协议得到妥善执行。以下是从多个角度给出的详细建议。
一、协议内容应全面且合法
明确退股条件与方式：
- 协议中应详细阐述退股的具体条件，如退股的时间、退股金的计算方式（是否包含未分配利润、是否扣除相关费用等）、支付方式及期限等。
- 例如，可以约定“甲方（退股股东）同意在XX年XX月XX日前，以XX方式（如银行转账）收取退股金共计人民币XX元，该金额已包含甲方应享有的未分配利润，并扣除甲方应承担的相关费用”。
确认股权状态与工商登记：
- 尽管未进行工商登记，但协议中应明确双方对股权状态的认可，即甲方虽未成为工商登记的股东，但已实际出资并享有相应股权权益。
- 可以约定“双方确认，甲方虽未办理工商变更登记手续，但已实际出资XX元，享有公司XX%的股权权益，该权益在退股时按照本协议约定进行处理”。
约定违约责任与争议解决方式：
- 为确保协议得到履行，应明确约定违约责任，如一方未按时支付退股金，应承担的违约金或赔偿损失等。
- 同时，约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以便在发生争议时能够及时解决。
二、协议签订与执行过程中的注意事项
双方签字盖章：
- 协议应由双方签字或盖章确认，以确保协议的法律效力。
- 如果可能，可以邀请第三方见证或公证，以增加协议的可信度和执行力。
保留相关证据：
- 在签订和执行协议过程中，应保留好相关证据，如转账记录、收据、沟通记录等，以便在需要时证明协议的履行情况。
关注公司财务状况：
- 在退股前，应关注公司的财务状况，确保公司有足够的资金支付退股金。
- 如果公司财务状况不佳，可以考虑要求公司提供担保或分期支付退股金等方式来降低风险。
三、特殊情况下的处理
如果公司已破产或清算：
- 如果公司已经进入破产或清算程序，那么退股金的支付将受到破产法或清算程序的限制。
- 在这种情况下，应咨询专业律师，了解破产法或清算程序的具体规定，以及如何在这些程序下维护自己的权益。
如果其他股东有异议：
- 如果其他股东对退股事宜有异议，应尝试通过协商或调解解决争议。
- 如果协商或调解无果，可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径解决争议。
四、示例协议条款
以下是一个简单的退股协议条款示例，供您参考：
“甲方（退股股东）与乙方（公司或其他股东）经友好协商，就甲方退股事宜达成如下协议：
一、甲方同意在XX年XX月XX日前，以银行转账方式收取退股金共计人民币XX元，该金额已包含甲方应享有的未分配利润，并扣除甲方应承担的相关费用。
二、双方确认，甲方虽未办理工商变更登记手续，但已实际出资XX元，享有公司XX%的股权权益，该权益在退股时按照本协议约定进行处理。
三、如乙方未按时支付退股金，应按照未支付金额的XX%向甲方支付违约金，并赔偿甲方因此遭受的损失。
四、本协议在履行过程中如发生争议，双方应首先友好协商解决；协商无果的，任何一方均有权向XX仲裁委员会申请仲裁或向XX人民法院提起诉讼。
五、本协议一式两份，甲乙双方各执一份，自双方签字或盖章之日起生效。”
最后建议：在签订退股协议前，建议您咨询专业律师，以确保协议内容的合法性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。