在复议机关改变原行政行为后，若当事人选择起诉原行政行为，法院的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 法院原则上应裁定不予立案或驳回起诉
   根据《行政诉讼法》第26条第2款及司法解释，复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。若当事人仍起诉原行政行为，法院会以“被告不适格”为由，依据《行政诉讼法》第51条（立案阶段）或第69条（审理阶段）裁定不予立案或驳回起诉。
   例外情形：若复议机关的改变行为存在程序违法（如未履行告知义务、超期复议等），导致当事人对原行政行为的起诉期限被耽误，法院可能允许当事人通过起诉原行政行为间接审查复议程序合法性，但此情形需结合具体证据判断。

2. 法院可能释明变更被告
   在立案或审理阶段，法院若发现当事人误将原行政机关列为被告，会依据《行政诉讼法》第51条或《最高人民法院关于适用〈行政诉讼法〉的解释》第69条，向当事人释明变更被告为复议机关。若当事人拒绝变更，法院将裁定驳回起诉。

3. 特殊情形下的实体审查可能性
   若复议机关的改变行为被撤销或确认无效（如复议决定因程序严重违法被判败诉），且原行政行为已过起诉期限，法院可能基于“权利救济必要性”对原行政行为进行实体审查。但此情形需满足严格条件，实践中极少适用。

实务建议：

• 当事人收到复议改变决定后，应优先以复议机关为被告提起诉讼，避免因被告不适格被驳回起诉。
  
• 若复议程序存在违法情形，可在起诉复议决定时一并提出对原行政行为的审查请求，以实现全面救济。
  
• 法院在处理此类案件时，会严格审查复议改变的合法性及当事人起诉的合理性，建议当事人提前固定复议程序违法的证据（如复议机关未告知起诉期限、超期作出决定等）。
  

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