结论：违规的房屋指标转让合同，十年后是否还能起诉，这主要取决于诉讼时效是否已过以及合同的具体性质。一般来说，如果诉讼时效未过且合同被认定为无效，那么是可以起诉的；但如果诉讼时效已过，或者合同虽违规但已实际履行且未造成严重后果，起诉的难度会增大。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，三年内需要提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。
最长诉讼时效：
- 然而，对于某些特殊情况，如权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但这一规定通常适用于那些权利人长期不知情或无法行使权利的情况。在房屋指标转让合同的纠纷中，如果权利人一直知道或应当知道其权利受到损害，则不适用这一最长诉讼时效。
诉讼时效的中断与中止：
- 如果在诉讼时效期间内，权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，诉讼时效会中断并重新计算。
- 如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效会中止，待障碍消除后继续计算。
针对本案例：如果房屋指标转让合同签订后，权利人一直知道或应当知道其权利受到损害，且未在三年内提起诉讼，同时也不存在诉讼时效中断或中止的情形，那么十年后提起诉讼可能会因诉讼时效已过而丧失胜诉权。
二、合同性质问题
无效合同：
- 如果房屋指标转让合同因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗而被认定为无效，那么权利人可以请求法院确认合同无效，并要求返还财产、赔偿损失等。这种情况下，诉讼时效的计算可能会从合同被确认无效之日起重新开始。
可撤销合同：
- 如果合同存在欺诈、胁迫等情形，权利人可以在知道或应当知道撤销事由之日起一年内请求法院撤销合同。但这一规定与本案例中的十年时间跨度不符，因此不太可能适用。
已实际履行的合同：
- 如果合同虽然违规，但双方已经实际履行，且未造成严重后果，法院可能会根据实际情况判决合同继续履行或采取其他补救措施。在这种情况下，起诉的难度会增大，因为法院可能会更倾向于维护交易的稳定性和公平性。
针对本案例：如果房屋指标转让合同被认定为无效，且权利人能够在诉讼时效内提起诉讼，那么是可以起诉的。但如果合同已实际履行且未造成严重后果，或者诉讼时效已过，起诉的难度会增大。
三、建议与风险提示
及时咨询律师：
- 如果你面临类似情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果。律师可以根据你的具体情况提供个性化的法律建议。
收集证据：
- 在提起诉讼前，务必收集好相关证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等。这些证据将有助于证明你的权利受到损害以及义务人的违约行为。
注意诉讼时效：
- 密切关注诉讼时效的计算情况，确保在诉讼时效内提起诉讼。如果因特殊情况无法及时提起诉讼，可以考虑通过发送律师函、提起仲裁等方式中断诉讼时效。
考虑实际履行情况：
- 如果合同已经实际履行且未造成严重后果，需要谨慎考虑是否提起诉讼。因为即使胜诉，也可能面临执行难等问题。
最后，违规的房屋指标转让合同十年后是否还能起诉，取决于多种因素的综合考量。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。