是否会对两个员工在厂里住进行罚款，需分情况讨论，不能一概而论，具体如下：

1. 若公司规章制度明确禁止员工在厂内居住，且该制度合法有效
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示告知劳动者。若公司已依法履行上述程序，且制度内容不违反法律强制性规定（如未侵犯员工基本居住权），则员工违反制度在厂内居住的，公司可依据《劳动合同法》第三十九条第二项，以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，或通过内部纪律处分程序进行罚款（需注意：直接罚款可能涉及违法，更合规的方式是扣减绩效或要求赔偿损失）。

2. 若公司规章制度未禁止员工在厂内居住，或制度未依法履行民主程序
   此时公司无权直接对员工罚款。若员工居住行为未造成实际损失（如损坏设施、影响生产安全），公司仅能通过沟通劝导要求员工搬离；若造成损失，可依据《民法典》第一千一百六十五条主张侵权赔偿，但需举证损失与居住行为的因果关系。

3. 若员工居住行为涉及安全隐患或违反行政法规
   例如，厂内宿舍未通过消防验收、员工私拉电线引发火灾风险，或违反《安全生产法》中关于生产场所安全距离的规定，此时公司可能面临行政处罚（如消防部门责令整改、罚款），但处罚对象是公司而非员工。公司可要求员工立即搬离以消除隐患，若员工拒不配合，可依据《劳动合同法》第三十九条第二项解除合同。

建议：

• 对公司而言，若需禁止员工在厂内居住，应依法制定规章制度并公示，同时为员工提供合理通勤方案或住宿补贴，避免因制度僵化引发劳动争议。
  
• 对员工而言，若公司无合法依据禁止居住，可要求公司出具书面处罚决定并说明依据；若认为处罚违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体制度条款或处罚案例，可进一步提供细节，我将结合证据材料分析合规性。