同案犯被判妨碍药品管理罪且在逃另案处理的情况下，其最终定罪量刑会依据具体犯罪情节、主观恶性、社会危害性等因素综合判定，但通常仍会以妨碍药品管理罪追究刑事责任，具体量刑可能因在逃情节有所调整。以下从不同角度展开分析：

一、定罪角度：通常仍构成妨碍药品管理罪

1. 共同犯罪的独立性
   根据《刑法》第二十五条，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。若在逃人员与已判刑同案犯存在共同故意实施妨碍药品管理行为（如生产、销售劣药，或未取得药品相关批准证明文件生产、进口药品等），即使其未到案，司法机关仍可依据现有证据（如同案犯供述、物证、书证等）认定其构成妨碍药品管理罪的共犯。
   例如：若在逃人员参与生产劣药的核心环节（如提供原料、技术指导），即使未直接销售，仍可能被认定为共同犯罪中的主犯或从犯。

2. 另案处理的法律意义
   “另案处理”仅表明因在逃人员未归案，司法机关暂时无法对其合并审理，但不影响对其犯罪行为的独立定性。待在逃人员归案后，司法机关会结合其具体行为（如是否组织策划、是否直接实施危害行为等）进一步明确其在共同犯罪中的地位（主犯/从犯/胁从犯）。

二、量刑角度：可能因在逃情节调整刑罚

1. 基准刑的确定
   根据《刑法》第一百四十二条之一，妨碍药品管理罪的量刑幅度为：

   • 三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
     
   • 对人体健康造成严重危害或有其他严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
     司法机关会依据在逃人员实际参与的犯罪情节（如涉案药品数量、销售额、危害后果等）确定基准刑。

2. 在逃情节对量刑的影响

   • 从重情节：若在逃人员长期潜逃，导致案件侦破难度增加、社会危害性扩大（如劣药持续流通），可能被认定为“情节严重”，从而在基准刑基础上从重处罚。
     
   • 从轻情节：若在逃人员主动投案并如实供述罪行（自首），或协助抓捕其他同案犯（立功），可依据《刑法》第六十七条、第六十八条从轻或减轻处罚。

三、实务建议：在逃人员及家属需注意

1. 对在逃人员：

   • 潜逃并非解决之道，反而可能因“在逃”情节加重处罚。建议尽快投案自首，争取从宽处理。
     
   • 若已归案，应如实供述犯罪事实，积极退赃退赔，以降低社会危害性评价。

2. 对家属：

   • 可协助劝说在逃人员投案，若其投案后构成自首，可依法从宽。
     
   • 避免包庇、窝藏在逃人员，否则可能触犯《刑法》第三百一十条（包庇罪），面临三年以下有期徒刑、拘役或管制。

总结：同案犯在逃不影响其妨碍药品管理罪的定性，但量刑需结合犯罪情节与在逃表现综合判定。建议尽早归案，通过合法途径争取从宽处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。