针对您提出的“妨碍药品管理罪不起诉怎么处理”的问题，这实际上涉及到了妨害药品管理罪不予起诉的多种情形及其处理方式。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法定不起诉情形（绝对不起诉）
情节显著轻微、危害不大：
- 若妨害药品管理的行为虽然形式上符合构成要件，但实际危害后果极其轻微，对药品管理秩序和公众健康损害可忽略不计，根据刑法的谦抑性原则，不作为犯罪处理。例如，药店因疏忽导致药品摆放不规范，但未影响药品质量和公众健康，并及时进行了整改。
犯罪已过追诉时效期限：
- 妨害药品管理罪经过一定期限后不再追诉。具体追诉时效根据法定最高刑来确定，如法定最高刑不满五年有期徒刑的，经过五年；五年以上不满十年的，经过十年。若犯罪行为已过追诉时效期限，检察机关将不予起诉。
经特赦令免除刑罚：
- 若妨害药品管理罪行为后经国家特赦令免除刑罚，则检察机关将依法作出不起诉决定。
犯罪嫌疑人、被告人死亡：
- 犯罪嫌疑人或被告人死亡后，刑事诉讼程序无法继续，因刑事责任承担主体不存在，检察机关应作出不予起诉决定。
二、酌定不起诉情形（相对不起诉）
犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚：
- 若妨害药品管理行为情节较轻，如初次实施、未造成严重后果、积极配合调查、有悔罪表现等，且根据刑法规定不需判处刑罚或可免除刑罚，检察机关可作出酌定不起诉决定。例如，药品生产企业存在轻微违规行为，但产品质量合格且及时进行了整改。
犯罪嫌疑人有自首或立功表现：
- 若犯罪嫌疑人在案发后主动投案自首，或检举、揭发他人重大犯罪行为，有立功表现，检察机关在综合考虑案情和悔罪态度后，可能作出不起诉决定。
三、存疑不起诉情形（证据不足不起诉）
- 证据不足，不符合起诉条件：
- 若妨害药品管理案中，现有证据无法达到确实、充分的证明标准，不能排除合理怀疑地证明犯罪嫌疑人实施了妨害行为，检察机关应作出存疑不起诉决定。例如，关键证人证言矛盾且无其他有力证据印证的情况。
四、处理方式
对于不予起诉的妨害药品管理罪案件，检察机关会依法作出不起诉决定书，并送达犯罪嫌疑人及其所在单位（如适用）。同时，根据案件具体情况，检察机关可能还会提出检察建议，要求相关单位或个人加强药品管理，防止类似行为再次发生。对于犯罪嫌疑人而言，虽然不予起诉意味着不承担刑事责任，但仍需接受行政处罚（如罚款、吊销许可证等）或民事赔偿（如因妨害行为造成他人损失的）。
综上所述，妨害药品管理罪的不予起诉情形需结合《刑事诉讼法》及相关法律规定，并根据案件具体情况进行综合判断。每个案件都有其独特性和复杂性，检察机关在决定是否起诉时，会严格依据法律规定和证据情况进行综合考量。希望以上解答能对您有所帮助。