一般行政案件不一定会查指纹，这取决于案件的具体性质、调查需要以及相关法律法规的规定。以下从几个角度详细分析：
案件性质与调查需求：
- 在行政案件中，如果案件涉及身份确认、行为认定等关键环节，且指纹作为生物识别信息能够直接或间接证明相关事实，那么调查机关可能会考虑采集和比对指纹。例如，在涉及伪造证件、冒用身份等行政案件中，指纹比对可能成为确认违法嫌疑人身份的重要手段。
- 然而，并非所有行政案件都需要查指纹。如果案件事实清楚、证据充分，或者指纹信息对于案件处理没有实质性帮助，那么调查机关可能不会采取这一措施。
法律法规依据：
- 目前，我国并没有一部统一的法律明确规定所有行政案件都必须查指纹。指纹的采集和使用通常受到《中华人民共和国刑事诉讼法》、《中华人民共和国治安管理处罚法》以及《中华人民共和国居民身份证法》等相关法律法规的调整。
- 在行政案件中，如果调查机关认为有必要采集指纹，应当遵循法定程序，确保采集行为的合法性和正当性。例如，在采集指纹前，应当向被采集人说明理由和依据，并征得其同意（在特定情况下，如紧急情况下，可能无需征得同意即可采集）。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，调查机关会根据案件的具体情况和调查需要来决定是否查指纹。如果指纹信息对于案件处理具有关键作用，且采集行为合法合规，那么调查机关可能会采取这一措施。
- 同时，调查机关也会考虑采集指纹的成本、效率以及可能对被采集人造成的影响等因素。如果采集指纹的成本过高、效率过低，或者可能对被采集人造成不必要的困扰或损害，那么调查机关可能会选择其他调查手段。
建议与注意事项：
- 如果您作为行政案件的当事人或相关人，对调查机关是否查指纹有疑问或担忧，可以主动向调查机关了解相关情况和法律依据。
- 如果您认为调查机关的采集行为违法或不当，可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 在日常生活中，我们也应当注意保护自己的指纹等生物识别信息，避免被非法采集或滥用。
如有任何关于行政案件或指纹采集等方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。