工程造价司法鉴定资料在鉴定结束后是否会退回，这主要取决于鉴定机构的具体规定以及鉴定过程中资料的使用情况，但通常情况下，鉴定资料会在鉴定完成后退回给提交方。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
鉴定机构的规定：
- 不同的鉴定机构可能有不同的规定和操作流程。有些鉴定机构可能会要求提交方在鉴定开始时明确是否需要退回资料，并在鉴定结束后按照提交方的要求处理资料。
- 另一些鉴定机构则可能默认在鉴定完成后将资料退回给提交方，除非有特殊情况或提交方有特别要求。
鉴定过程中资料的使用情况：
- 如果鉴定过程中资料被大量复制或扫描，且原始资料在鉴定过程中未受到损坏或污染，那么退回原始资料的可能性就较大。
- 如果鉴定过程中资料被严重损坏、污染或无法复原，或者鉴定机构认为需要保留资料以备后续参考或复核，那么资料可能不会被退回。
法律与合规性考虑：
- 从法律角度来看，鉴定机构有义务保护提交方的资料安全，并在鉴定完成后按照约定或规定处理资料。
- 如果鉴定机构未按照约定或规定处理资料，提交方有权要求鉴定机构承担相应的法律责任。
实际操作建议：
- 在提交资料给鉴定机构之前，建议提交方与鉴定机构明确沟通资料的处理方式，包括是否需要退回、退回的时间节点等。
- 如果可能的话，提交方可以要求鉴定机构出具书面承诺或协议，明确资料的处理方式和责任归属。
- 在鉴定过程中，提交方也可以与鉴定机构保持沟通，及时了解资料的使用情况和处理进度。
特殊情况说明：
- 如果鉴定过程中涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等敏感信息，鉴定机构可能会按照相关法律法规的要求对资料进行特殊处理，包括但不限于加密存储、限制访问等。在这种情况下，资料的退回可能会受到更严格的限制和监管。
总结与建议：
- 通常情况下，工程造价司法鉴定资料在鉴定结束后会退回给提交方，但具体是否退回还需根据鉴定机构的规定和鉴定过程中资料的使用情况来确定。
- 为了确保资料的安全和合规处理，建议提交方在提交资料前与鉴定机构明确沟通资料的处理方式，并在必要时要求鉴定机构出具书面承诺或协议。
- 如果您在工程造价司法鉴定过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。