结论前置：在双方存在仲裁协议的情况下，若其中一方破产，破产管理人通常不可以不顾仲裁协议，而应按照仲裁协议的约定通过仲裁解决争议。不过，也存在一些特殊情况需要具体分析。

仲裁协议的效力基础

仲裁协议是双方当事人自愿将他们之间已经发生或者可能发生的争议提交仲裁解决的书面协议。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议具有独立性，其效力不受合同变更、解除、终止或者无效的影响。这意味着，即使合同中的其他条款因各种原因不再有效，仲裁协议依然有效，对双方当事人具有约束力。

破产管理人的职责与仲裁协议

破产管理人是在破产程序中依法接管破产企业财产、管理破产事务的专门机构或人员。其职责包括清理破产企业财产、编制资产负债表和财产清单、处理与破产有关的未了结业务等。在处理破产企业与他人之间的争议时，破产管理人应当遵循法律的规定和仲裁协议的约定。

1. 一般情况下，破产管理人应遵守仲裁协议

• 法律义务：破产管理人作为破产企业的代表，有义务遵守破产企业之前与他人签订的合法有效的仲裁协议。如果破产管理人无视仲裁协议，擅自向法院提起诉讼，可能构成对仲裁协议的违反，面临被法院驳回起诉的风险。
• 维护交易秩序：遵守仲裁协议有助于维护市场交易秩序和当事人的合法权益。仲裁作为一种替代性纠纷解决方式，具有高效、灵活、保密等优点。如果允许破产管理人随意突破仲裁协议，将破坏仲裁制度的稳定性和可预测性，不利于市场经济的健康发展。

2. 特殊情况下，破产管理人可能无需遵守仲裁协议

• 仲裁协议无效或失效：如果仲裁协议本身存在无效情形（如无民事行为能力人订立的仲裁协议、约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围等），或者因其他原因失效（如双方当事人达成新的协议放弃仲裁等），则破产管理人无需再受该仲裁协议的约束。
• 法律另有规定：在某些特殊情况下，法律可能规定破产管理人无需遵守仲裁协议。例如，根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，对于涉及破产企业财产的保全措施、执行程序等，可能需要由法院直接处理，而不受仲裁协议的限制。不过，这种情况较为特殊，需要具体分析相关法律法规的规定。

实际操作建议

• 审查仲裁协议：破产管理人在接管破产企业后，应首先审查企业与他人之间是否存在有效的仲裁协议。如果存在，应尊重并遵守该协议的约定。
• 咨询专业律师：在处理涉及仲裁协议的争议时，破产管理人应咨询专业律师的意见，确保自己的行为符合法律的规定和仲裁协议的约定。
• 与对方协商：如果破产管理人认为遵守仲裁协议可能不利于破产程序的顺利进行或保护破产企业的利益，可以尝试与对方当事人协商变更争议解决方式。不过，这种变更需要双方当事人的同意，并应签订书面协议。

举例说明：假设A公司与B公司签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款。后来，A公司因经营不善进入破产程序。在破产程序中，B公司向A公司的破产管理人主张货款。此时，破产管理人应按照合同中的仲裁条款，与B公司通过仲裁解决争议。如果破产管理人擅自向法院提起诉讼，B公司可以向法院提出管辖权异议，要求法院驳回起诉并依据仲裁条款进行仲裁。

最后提醒：破产程序中的争议解决方式选择是一个复杂而重要的问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。