针对您提出的事业编人员退休前注册了个体工商户营业执照，退休后仍在使用是否合法的问题，这需要根据相关法律法规和纪律规定来综合分析。
首先，我们要明确的是，党政机关干部（包括事业编人员，如果其管理参照公务员法执行）在职及退休后经商办企业，是受到严格限制的。这是为了维护公职人员的廉洁性，防止权力与市场利益的不当联结，从而滋生腐败问题。
在职期间经商办企业的限制
根据相关规定，党政机关干部在职期间，一律不准经商、办企业。这包括在企业担任职务、领取薪酬，以及出资开办企业、持有非上市公司股份等直接或间接从事营利活动的行为。如果您在事业编在职期间注册了个体工商户营业执照并从事经营活动，这本身就可能构成违纪行为。
退休后经商办企业的限制
对于退休后的情况，虽然《中华人民共和国公务员法》主要规定了公务员在退休后一定时间内不得从事与原工作业务直接相关的营利性活动，但并未明确禁止从事原工作业务范围外的营利活动。然而，中共中央组织部出台的相关意见明确要求，党政领导干部退休后到企业工作，必须事先向原所在单位报告，并征得相应的组织（人事）部门同意。此外，如果退休后到企业任职，就意味着不再是退休状态而是在职状态，就不能再保留退休待遇。
您的具体情况分析
退休前注册营业执照：如果您在事业编在职期间注册了个体工商户营业执照，这本身就可能违反了相关规定，除非您事先获得了组织的批准并且该经营活动与您的职务无直接关联且未影响本职工作（但这种情况极为罕见且难以证明）。
退休后继续使用营业执照：退休后，如果您没有放弃退休待遇，并且未向原所在单位报告并征得同意就继续使用营业执照从事经营活动，这很可能构成违纪行为。因为即使您从事的营利活动与原工作业务无直接关联，但您作为事业编退休人员，仍然受到相关纪律规定的约束。
建议
立即停止使用营业执照：如果您目前仍在使用该营业执照从事经营活动，建议您立即停止，并考虑注销或转让该营业执照。
向原所在单位报告：如果您希望继续从事经营活动，建议您先向原所在单位报告，并征得相应的组织（人事）部门同意。同时，您可能需要放弃退休待遇或按照相关规定处理。
咨询专业法律意见：由于具体情况可能因地区和单位而异，建议您咨询专业法律人士或当地纪委监委部门，以获取更具体和准确的指导。
总之，事业编人员退休后继续使用在职期间注册的个体工商户营业执照从事经营活动，很可能构成违纪行为。为了维护您的个人声誉和避免不必要的法律风险，建议您谨慎处理此事并遵循相关规定。