结论：以公司名义借款已结清，建议进行备注，这有助于明确借款状态、避免后续纠纷，并在必要时提供法律保障。以下从不同角度详细说明：

1. 从合同履行角度
   借款合同是双方权利义务的依据，结清备注相当于对合同履行状态的确认。若借款合同中未明确约定结清后的手续（如注销合同、出具结清证明等），备注可视为对合同履行的补充说明。例如，在备注中写明“借款本金及利息已全部结清，双方权利义务终止”，能避免未来因合同条款理解分歧产生争议。

2. 从财务记录角度
   公司财务需清晰记录资金往来，结清备注是财务合规的重要环节。若借款涉及银行转账，备注可与银行流水形成对应关系；若为现金交易，备注则能证明资金已实际交付。例如，在转账凭证或收据上备注“XX公司借款已结清”，可防止未来被误认为未还款或重复还款。

3. 从法律风险角度
   若借款涉及第三方（如担保人、共同借款人），结清备注能明确各方责任是否解除。例如，若担保合同未单独约定结清条件，主借款结清后，担保责任通常随之终止，但通过备注可进一步固定这一事实，降低担保人被追责的风险。此外，若未来公司涉及审计或诉讼，结清备注可作为直接证据，减少举证成本。

4. 从实务操作角度
   备注形式无需复杂，但需满足基本法律要求：

   • 内容明确：需包含借款主体、金额、结清时间等关键信息；
     
   • 签字盖章：若为公司间借款，需双方盖章确认；若为个人与公司借款，需借款人签字并按手印；
     
   • 保存方式：建议将备注与借款合同、还款凭证等一并存档，形成完整证据链。

建议：若借款已结清但未备注，可补签一份《借款结清确认书》，明确双方无争议。若涉及复杂情况（如借款被转让、存在违约金争议等），可进一步向我咨询具体操作方案。