结论：在公证债权文书约定有违约金的情况下，执行中是否还要支付双倍部分利息，需根据具体情况判断，一般情况下，违约金与双倍部分利息不会同时支持，但具体需看合同约定及法院裁判。

分析说明：

1. 违约金与双倍部分利息的性质：

   • 违约金：是合同双方约定的，在一方违约时，应向对方支付的一定数额的金钱。它是对违约行为的一种经济制裁，旨在补偿因违约给对方造成的损失。
   • 双倍部分利息：通常指的是在债务人逾期未履行债务时，根据法律规定或合同约定，债务人需要支付的额外利息。在《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》中，有关于逾期利息、违约金或者其他费用总计不得超过一年期贷款市场报价利率四倍的规定，但此规定主要针对民间借贷，且双倍部分利息的表述并非直接来源于该规定，而是实践中对高额逾期利息的一种通俗说法。在公证债权文书的执行中，是否支持双倍部分利息，需看具体法律规定和合同约定。

2. 公证债权文书的执行：

   • 公证债权文书是经过公证机关公证的，具有强制执行效力的债权文书。当债务人不履行或不完全履行公证债权文书所确定的义务时，债权人可以依法向有管辖权的人民法院申请执行。
   • 在执行过程中，法院会依据公证债权文书的内容以及相关法律法规进行裁判。如果公证债权文书中明确约定了违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么法院在执行时通常会支持违约金的支付。

3. 违约金与双倍部分利息的并存问题：

   • 一般情况下不并存：在大多数情况下，违约金和双倍部分利息（如果理解为高额逾期利息）不会同时得到支持。因为违约金本身已经是对违约行为的一种经济制裁，如果再支持高额的逾期利息，可能会对债务人造成过重的负担，不符合公平原则。
   • 合同约定优先：然而，如果合同中明确约定了违约金和逾期利息（无论是否称为“双倍部分利息”）可以同时主张，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么法院在裁判时可能会尊重合同双方的约定，支持违约金的和逾期利息的支付。但需要注意的是，即使合同有此约定，如果逾期利息过高，法院也可能根据实际情况进行调整，以防止利益失衡。
   • 法院裁判的灵活性：法院在裁判时还会考虑债务人的实际履行情况、违约程度、债权人的实际损失等因素，以确定是否支持违约金和逾期利息的支付，以及支付的具体数额。

法律建议：

• 如果您是债权人，在签订公证债权文书时，应明确约定违约金和逾期利息的支付方式和数额，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。同时，在申请执行时，应提供充分的证据证明债务人的违约行为和您的实际损失。
• 如果您是债务人，在签订公证债权文书时，应仔细阅读合同条款，了解违约金和逾期利息的支付方式和数额。如果认为合同条款不公平或存在歧义，应及时与债权人协商修改或寻求法律帮助。在履行合同过程中，应尽量避免违约行为的发生，以减少不必要的经济损失。

后续行动：

• 如果您对公证债权文书的执行或违约金、逾期利息的支付问题有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况和法律法规的规定，为您提供专业的法律意见和帮助。