食药环部门可以办理化肥侵权案件，但需结合具体侵权类型和管辖权限综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 食药环部门的职能范围
   根据《市场监管综合执法事项指导目录》及地方性法规，食药环部门（通常指市场监管部门下属的食品药品环境犯罪侦查机构或综合执法队伍）主要管辖以下领域：

   • 食品领域：生产销售不符合安全标准的食品、假冒伪劣食品等；
     
   • 药品领域：制售假药劣药、非法经营药品等；
     
   • 环境领域：污染环境、非法采矿、破坏野生动物资源等；
     
   • 知识产权领域：若化肥侵权涉及商标侵权（如假冒注册商标）、专利侵权（如非法使用专利技术）或商业秘密泄露（如窃取配方），且侵权行为与生产、销售环节直接相关，食药环部门可依据《商标法》《专利法》《反不正当竞争法》等法律介入调查。

2. 化肥侵权案件的常见类型及管辖

   • 商标侵权：若化肥包装上冒用他人注册商标（如“金正大”被仿冒），食药环部门可依据《商标法》第六十条查处，包括责令停止侵权、没收侵权商品、罚款等；
     
   • 专利侵权：若化肥生产技术侵犯他人专利权（如生产工艺专利），通常需通过知识产权法院或专利管理部门处理，但若侵权行为伴随生产、销售假冒产品，食药环部门可协同查处；
     
   • 质量侵权：若化肥有效成分不足、虚假标注含量（如标称含氮量46%实则仅30%），属于《产品质量法》调整范围，食药环部门可依据该法第四十九条查处；
     
   • 不正当竞争：若通过虚假宣传（如虚构“国家级认证”）误导消费者，食药环部门可依据《反不正当竞争法》第二十条处理。

3. 跨部门协作机制
   若化肥侵权案件涉及复杂技术鉴定（如专利有效性争议）或大额经济赔偿，食药环部门可能将案件移送至：

   • 知识产权局：处理专利侵权纠纷行政裁决；
     
   • 农业农村部门：监管化肥登记证、质量标准；
     
   • 公安机关：若侵权行为涉嫌犯罪（如生产销售伪劣产品罪），依法立案侦查。

建议：若您遇到化肥侵权问题，可先向当地市场监管部门（食药环）举报，同时准备以下证据：

• 侵权产品实物及包装；
  
• 购买凭证（发票、收据）；
  
• 权利证明（商标注册证、专利证书、质量检测报告）；
  
• 侵权行为线索（如生产窝点、销售渠道）。
  

如需进一步分析案件性质或制定维权策略，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业建议。