结论：在事故认定您方非机动车主责、对方机动车次责的情况下，对方赔偿您方医药费时把保险赔付考虑在内是合理的，但具体赔偿金额和方式需根据保险合同条款、事故责任比例以及实际损失情况来确定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 保险赔付的基本原则：

   • 在交通事故中，如果对方机动车购买了交强险和商业三者险，那么保险公司通常会在保险责任限额内对受害方的损失进行赔付。
   • 赔付的范围通常包括医药费、误工费、护理费、营养费、残疾赔偿金（如构成残疾）等。

2. 事故责任比例的影响：

   • 根据事故认定书，您方非机动车主责，对方机动车次责。这意味着在赔偿时，会按照责任比例来划分双方应承担的损失。
   • 例如，如果总损失为10万元，且责任比例为7:3（您方70%，对方30%），那么对方保险公司通常只会赔付您方3万元的损失（在保险责任限额内），剩余部分需由您方自行承担或通过其他途径解决。

3. 保险赔付的具体流程：

   • 在事故发生后，您方应及时报警并保留好相关证据，如医疗记录、费用清单等。
   • 对方保险公司会根据事故责任比例和保险合同条款，对您方的损失进行核定。
   • 核定无误后，保险公司会在保险责任限额内进行赔付。如果赔付金额不足以覆盖您方的实际损失，您方有权向对方车主追偿剩余部分。

4. 可能遇到的法律问题及建议：

   • 保险赔付不足：如果保险公司赔付的金额不足以覆盖您方的实际损失，您方可以考虑与对方车主协商解决，或者通过法律途径向对方车主追偿。
   • 保险拒赔：如果保险公司以某种理由拒绝赔付，您方有权向保险公司提出异议，并要求其给出合理的解释。如果保险公司仍然拒绝赔付，您方可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
   • 建议：在处理此类事故时，建议您方保留好所有相关证据，如医疗记录、费用清单、事故认定书等，以便在需要时提供证明。同时，您方也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

5. 实际案例参考：

   • 假设在某起交通事故中，非机动车方（您方）承担主责，机动车方承担次责。非机动车方因事故受伤，产生医药费5万元。根据责任比例，机动车方应承担30%的赔偿责任，即1.5万元。如果机动车方购买了交强险和商业三者险，且保险责任限额足够覆盖这1.5万元，那么保险公司会直接赔付给您方1.5万元。

后续行动建议：如果您在处理此类事故时遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和解决方案。