关于房屋被侵占排除妨害的诉讼时效问题，结论如下：

1. 返还房屋的物权请求不受诉讼时效限制
   根据《中华人民共和国民法典》相关规定，若房屋产权清晰归属于权利人，他人非法侵占房屋时，权利人要求返还房屋的请求权属于物权请求权。由于物权具有对世性和绝对性，其存在不因时间流逝而消灭，因此权利人可随时主张返还房屋，不受三年诉讼时效限制。例如，若房屋被邻居长期占用，即使占用时间超过三年，权利人仍可要求返还。

2. 因侵占产生的债权请求受三年诉讼时效约束
   若权利人因房屋被侵占遭受经济损失（如要求侵占人赔偿房屋损坏费用、支付占用期间的租金等），此类请求属于债权请求权，需受三年诉讼时效限制。诉讼时效自权利人知道或应当知道权益受损之日起计算，逾期未主张的，法院可能不再支持。例如，若侵占人未支付租金，权利人需在知道或应当知道之日起三年内起诉，否则可能丧失胜诉权。

法律背景与建议：

• 物权与债权的区分：物权请求权（如返还房屋）的核心是恢复对物的支配，而债权请求权（如赔偿损失）的核心是填补经济损失。法律对两者的保护方式不同，需根据具体诉求选择法律依据。
• 证据保留：无论主张物权还是债权，权利人均需保留房屋产权证明、侵占事实证据（如照片、视频、证人证言）及经济损失证明（如维修发票、租金市场价评估报告），以支持诉求。
• 及时行动：若房屋被侵占，建议权利人优先通过协商、律师函等方式要求返还；若涉及经济损失，需在诉讼时效内提起诉讼，避免权益受损。

特殊情形提示：
若侵占行为持续存在（如侵占人长期居住且拒绝搬离），诉讼时效可能从侵占行为终止之日起计算。例如，侵占人于2020年1月开始占用房屋，至今未搬离，则诉讼时效可能从权利人实际收回房屋或法院判决返还之日起算。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性建议。