合同上约定的乙方赔付20万元违约金，其计算方式通常取决于合同双方在合同中的具体约定以及相关法律规定。具体来说，可能有以下几种情况：
合同明确约定了计算方式：
- 如果合同中明确规定了违约金的计算方式，比如按照合同总金额的百分比计算，或者按照乙方违约给甲方造成的实际损失的一定倍数计算，那么违约金的数额就是根据这些约定直接计算出来的。例如，合同可能规定“若乙方违约，需向甲方支付合同总金额20%的违约金”，若合同总金额为100万元，则违约金即为20万元。
合同未明确约定但双方协商确定：
- 如果合同中没有明确规定违约金的计算方式，但双方在违约发生后通过协商确定了违约金的数额，那么这个数额就是双方协商的结果。在这种情况下，违约金的数额可能基于多种因素，如乙方的违约程度、甲方的实际损失、双方的合作关系等。
依据法律规定或司法实践确定：
- 如果合同中没有约定违约金，或者约定的违约金过高或过低，一方可以请求人民法院或仲裁机构根据实际情况进行调整。在这种情况下，违约金的数额将依据相关法律规定或司法实践来确定。例如，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
针对您的情况，由于您提到合同上已经明确写了乙方赔付20万元违约金，那么最有可能的情况是合同中已经明确规定了违约金的数额，或者双方在合同签订时已经就违约金的数额达成了一致意见。
建议：
- 如果您对合同中的违约金条款有疑问，或者认为违约金的数额不合理，可以仔细审查合同条款，了解违约金的计算方式和依据。
- 如果您认为违约金过高或过低，可以与对方进行协商，尝试达成一个更合理的违约金数额。
- 如果协商不成，您可以考虑通过法律途径解决争议，比如向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依据合同和相关法律规定来维护自己的合法权益。如果您有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。