核心结论：在交易中采用现金支付但对方已开具发票的情况下，需根据交易性质、合同约定及法律规定，综合判断是否合法合规，并采取相应措施保障权益。以下分情况说明：

1. 若交易本身合法合规

• 现金支付合法性：根据《现金管理暂行条例》，个人之间或单位与个人之间的单笔小额交易（通常指1000元以下）可使用现金支付；若交易金额超过规定限额（如单位之间单笔超过1000元），需通过银行转账等非现金方式支付，否则可能涉嫌违反现金管理规定。
• 发票合规性：对方开具的发票需符合《发票管理办法》要求，即真实、合法、与交易内容一致。若发票内容与实际交易不符（如虚开发票），可能涉及税务违法。
• 建议措施：
  • 保留现金支付凭证（如收据、签字确认单）及发票，作为交易证据；
  • 若交易金额较大，建议补充签订书面合同，明确支付方式、金额及发票开具要求；
  • 定期核对发票与实际交易，确保无虚开、代开等违法行为。

2. 若交易涉嫌违法（如逃税、虚开发票）

• 法律风险：
  • 逃税：若双方通过现金支付隐瞒收入、少缴税款，可能触犯《税收征收管理法》第六十三条，面临补缴税款、滞纳金及罚款，情节严重者可能构成逃税罪（《刑法》第二百零一条）。
  • 虚开发票：若发票内容与实际交易不符（如无真实交易而开具发票），可能触犯《刑法》第二百零五条，构成虚开发票罪，面临刑事处罚。
• 建议措施：
  • 立即停止涉嫌违法的交易行为；
  • 整理交易记录、发票及支付凭证，评估违法情节轻重；
  • 若已涉及税务稽查或刑事调查，主动配合调查并补缴税款，争取从轻处理；
  • 咨询专业律师，制定应对方案，降低法律风险。

3. 若对方未履行合同义务（如未交付货物/服务）

• 法律关系：现金支付与发票开具仅证明交易形式，不直接等同于合同履行。若对方未按约定交付货物或提供服务，仍需承担违约责任。
• 建议措施：
  • 收集合同、支付凭证、发票及沟通记录等证据；
  • 通过书面形式催告对方履行义务，并保留催告记录；
  • 若对方仍不履行，可向法院起诉或申请仲裁，要求解除合同、返还货款并赔偿损失。

4. 若发票存在瑕疵（如抬头错误、信息不全）

• 法律后果：瑕疵发票可能影响企业税前扣除、报销等权益，甚至被税务机关认定为无效发票。
• 建议措施：
  • 要求对方重新开具合规发票，并注明“作废重开”字样；
  • 若对方拒绝，可向税务机关举报或通过法律途径解决；
  • 企业需加强发票审核，避免因瑕疵发票导致税务风险。

总结：现金支付与发票开具的合法性需结合交易性质、金额及合同约定综合判断。若交易合法，需保留证据并规范操作；若涉嫌违法，需立即停止并咨询律师；若对方违约或发票瑕疵，需通过法律途径维护权益。如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我提问。