在对方已开具发票但你方未付完款的情况下，应首先审查合同约定，积极与对方沟通协商，制定合理的付款计划，并确保税务合规性。具体建议如下：

一. 审查合同约定与交易习惯

1. 合同约定：首要步骤是查阅双方签订的合同，明确合同中关于付款时间、方式以及发票开具与付款的关联条款。若合同约定在发票开具后的一定期限内付款，而你方未按时支付，则可能构成违约，对方有权依据合同条款追究违约责任。

2. 交易习惯：在某些行业中，存在先开具发票后付款的交易习惯。如违背这种交易习惯，对方也可能以此为依据主张权利。

• 例如，在某些行业，供应商通常会在发货后先开具发票，客户则在收到货物后的一定期限内付款。如果双方一直遵循这一习惯，突然改变可能会导致纠纷。

二. 积极沟通协商

1. 说明原因：主动与对方取得联系，坦诚说明未付完款项的原因，如资金周转困难、对货物或服务存在争议等。

2. 协商付款计划：尝试与对方协商新的付款计划，包括具体的付款时间和金额，争取对方的理解与支持。

3. 处理争议：如对货物或服务质量有异议，可与对方共同商讨解决方案，如扣除部分款项作为补偿等。

三. 确保税务合规性

1. 发票与付款记录一致：确保发票与付款记录保持一致，以避免税务违规风险。

2. 红字发票处理：如双方协商一致，且符合税务规定，可考虑开具红字发票进行红冲处理，以纠正发票与付款的不一致情况。

• 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十九条，先开具发票的，增值税纳税义务发生时间为开具发票的当天。因此，税务合规性在此类情况中尤为重要。

四. 评估法律风险与留存证据

1. 法律风险：如与对方无法通过协商达成一致，应充分考虑法律风险，对方可能会通过法律途径追讨款项。

2. 留存证据：务必留存与未付完款项相关的证据，如合同、发票、沟通记录等，以备不时之需。

• 例如，如果因为货物质量问题导致未付款，应留存质量检测报告和与对方的沟通记录作为证据。

我建议：在处理此类情况时，务必保持与对方的良好沟通，尽量通过协商解决问题。同时，要确保税务合规性，避免引发不必要的税务风险。如协商无果，可考虑通过法律途径维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。