集体企业法人的任免程序是否可以由上级部门决定，这主要取决于集体企业的具体性质、相关法律法规以及企业章程的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 集体企业的性质与分类：

   • 集体企业通常分为城镇集体所有制企业和乡村集体所有制企业。对于不同类型的集体企业，其法人任免程序可能有所不同。
   • 城镇集体所有制企业：根据《中华人民共和国城镇集体所有制企业条例》等相关规定，城镇集体企业的法人任免通常需要遵循一定的民主程序，如职工（代表）大会的选举或罢免等。然而，在某些情况下，如果集体企业是由上级主管部门或单位投资设立或管理的，上级部门可能在企业法人任免上具有一定的决定权，但这并非绝对，还需结合企业章程和具体规定来判断。
   • 乡村集体所有制企业：乡村集体企业的法人任免程序可能更多地受到地方性法规或乡村集体经济组织章程的影响。在某些地区或情况下，上级部门（如乡镇政府或农村集体经济组织）可能在企业法人任免上具有一定的指导或决定权。

2. 相关法律法规的规定：

   • 除了上述针对集体企业的专门法规外，还需要考虑《中华人民共和国公司法》（尽管集体企业不完全等同于公司制企业，但某些原则可能具有借鉴意义）等相关法律法规中关于企业法人任免的一般规定。
   • 一般来说，企业法人的任免应当遵循法律法规和企业章程的规定，确保程序的合法性和公正性。如果上级部门试图单方面决定企业法人的任免，而未经必要的民主程序或违反企业章程的规定，那么这种决定可能是无效的。

3. 企业章程的约定：

   • 企业章程是企业内部的基本法律文件，它规定了企业的组织结构、管理方式、法人任免程序等重要事项。
   • 如果集体企业的章程明确规定了企业法人的任免程序，并且该程序不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照企业章程的规定来执行。在这种情况下，上级部门是否可以决定企业法人的任免，将取决于企业章程的具体约定。

法律建议：

• 对于集体企业而言，为了确保企业法人任免程序的合法性和公正性，建议企业在制定或修订企业章程时，明确规定法人任免的具体程序和要求。
• 如果上级部门试图干预企业法人的任免程序，企业应当仔细审查相关法律法规和企业章程的规定，确保自身的权益不受侵害。
• 在实际操作中，如果遇到争议或不确定的情况，建议及时咨询专业律师或相关法律机构，以获取准确的法律意见和帮助。

可能后果：

• 如果上级部门未经必要程序或违反企业章程的规定单方面决定企业法人的任免，可能会导致企业内部的混乱和不稳定，甚至可能引发法律纠纷。
• 企业法人如果未经合法程序被任免，可能会对其个人权益造成损害，如名誉权、职务权益等。同时，这也可能影响企业的正常运营和发展。

因此，集体企业法人的任免程序是否可以由上级部门决定，并没有一个绝对的答案。它取决于集体企业的具体性质、相关法律法规以及企业章程的规定。在实际操作中，应当遵循法律法规和企业章程的规定，确保程序的合法性和公正性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。