结论：在合作商于系统上传的合同填写的有效期与上传的合同本身不一致的情况下，你方可以进行确认，但需谨慎处理并遵循一定的法律程序和原则，以确保自身权益不受损害。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同确认的法律基础与原则
合同成立与生效原则：
- 合同的成立通常要求双方意思表示一致，且内容合法、形式合规。在电子合同或系统上传合同的情境下，合同的成立往往依赖于双方在系统中的操作和确认。
- 合同的生效则可能受到更多因素的影响，如合同条款的合法性、双方当事人的签约能力等。但就本题而言，我们主要关注的是合同内容的一致性。
诚实信用原则：
- 诚实信用原则是合同法的基本原则之一，要求当事人在订立、履行合同过程中应当诚实守信，不得损害对方利益。
- 在合作商上传的合同有效期与合同本身不一致的情况下，你方有义务基于诚实信用原则进行核实和确认，以避免因信息不对称或误解而导致的纠纷。
二、你方可以进行确认的具体操作与注意事项
核实合同内容：
- 你方应首先仔细核对合作商上传的合同文本与系统填写的有效期是否一致。这可以通过对比合同文本中的相关条款与系统记录来实现。
- 如果发现不一致，你方应及时与合作商沟通，要求其解释原因并提供正确的合同文本或系统记录。
书面确认与留存证据：
- 在确认合同内容无误后，你方应要求合作商以书面形式（如电子邮件、系统确认函等）确认合同的有效期及其他关键条款。
- 同时，你方也应妥善留存所有与合同确认相关的证据，包括但不限于合同文本、系统记录、沟通记录等，以备不时之需。
考虑合同修改与补充协议：
- 如果合作商上传的合同文本与系统填写的有效期确实存在不一致，且双方无法就正确内容达成一致意见，你方可以考虑与合作商协商修改合同或签订补充协议，以明确合同的有效期及其他关键条款。
- 在修改合同或签订补充协议时，你方应确保所有条款均符合法律法规的规定，并充分保护自身权益。
三、可能面临的法律风险与应对措施
合同纠纷风险：
- 如果合作商坚持认为其上传的合同文本或系统记录是正确的，而你方则持相反观点，双方可能因此产生合同纠纷。
- 在这种情况下，你方应积极收集证据，证明自己的观点，并考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。
法律合规风险：
- 在处理合同确认问题时，你方应确保所有操作均符合法律法规的规定，如电子合同的签订与履行应符合《电子签名法》等相关法律法规的要求。
- 如果因操作不当或违反法律法规而引发法律合规风险，你方应及时采取措施进行纠正，并咨询专业律师以获取法律帮助。
建议：在处理此类问题时，你方应保持谨慎态度，充分核实合同内容，并妥善留存相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。