员工病假扣工资，通常不会影响第二年的年休假。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《职工带薪年休假条例》以及相关劳动法律法规，职工享受年休假的权利是基于其连续工作的时间和用人单位的工作安排，与是否因病假被扣工资无直接关联。年休假是职工依法应享有的休息休假权利，旨在保障职工的身心健康和工作效率。

病假与年休假的区别

1. 性质不同：病假是职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，用人单位根据职工实际工作年限和在本单位工作年限，给予一定期限的医疗期，并在医疗期内支付病假工资或疾病救济费。而年休假则是职工在连续工作一定时间后，依法享有的带薪休假权利。

2. 目的不同：病假的目的是让职工有时间进行治疗和康复，以恢复身体健康；年休假的目的则是让职工有时间休息和放松，以缓解工作压力，提高工作效率。

病假扣工资对年休假的影响

1. 不影响年休假资格：职工因病假被扣工资，并不意味着其失去了享受年休假的资格。只要职工符合享受年休假的条件（如连续工作满一定年限），就有权享受年休假。

2. 不影响年休假天数：年休假天数的计算是基于职工的连续工作年限，与是否因病假被扣工资无关。因此，即使职工因病假被扣工资，其年休假天数也不会因此减少。

特殊情况下的考虑

虽然病假扣工资通常不会影响年休假，但在某些特殊情况下，如职工因严重违反用人单位规章制度或严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害而被扣工资或解除劳动合同的，其享受年休假的权利可能会受到影响。然而，这种情况与病假扣工资本身无直接关联，而是基于职工的违纪行为或失职行为。

法律建议

1. 了解自身权益：职工应了解自己依法享有的年休假权利，包括年休假天数、休假时间安排等。

2. 与用人单位沟通：如果职工对年休假安排有疑问或不满，应及时与用人单位沟通，明确双方的权利和义务。

3. 保留相关证据：职工在享受年休假或因病假被扣工资时，应保留好相关证据（如病假条、工资单等），以备不时之需。

4. 寻求法律帮助：如果职工认为自己的年休假权利受到侵害，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助，维护自己的合法权益。

综上所述，员工病假扣工资通常不会影响第二年的年休假。职工应了解自己的权益，与用人单位保持良好沟通，并在必要时寻求法律帮助。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。